升空间群问题(B级警报PLAT110和PLAT112以及G级警报PLAT116)

DJ_Tokyo

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升空间群问题(B级警报PLAT110和PLAT112以及G级警报PLAT116)

如图1所示，最近有小伙伴的一个金属有机配合物晶体在单斜晶系第14号空间群P21/c下解析，精修结果很不错（由Olex2 [1]呈现），但验证报告（由PLATON [2]呈现）蓝色方框圈出的B级警报PLAT110（参阅推文“CheckCIF-PLAT110”）和PLAT112（参阅推文“CheckCIF-PLAT112”）以及G级警报PLAT116（参阅推文“CheckCIF-PLAT116”）表明结构存在更高对称性，需要升空间群。

▲图1 结构解析精修结果和验证报告

然而PLATON/ADDSYM对称性检测却显示没有明显需要更改的空间群，如图2所示。

▲图2 PLATON/ADDSYM对称性检测结果

删除所有非金属原子，仅保留金属原子再进行PLATON/ADDSYM对称性检测，结果如图3所示，提示可以升级为单斜晶系第15号非标准空间群I2/a。

▲图3 仅保留金属情况下PLATON/ADDSYM对称性检测结果

然而通过PLATON升级到I2/a空间群后，解析的结果结构堆叠在一起形成无限生长的结果了，这显然不对。

需要重新还原数据，于是让对方把原始衍射照片文件发了过来，是理学单晶仪测试的。

用CrysAlisPro[3]打开数据进行还原（参阅推文“理学单晶数据还原操作步骤”），正常收集衍射点，定晶胞，然后点击Data Reduction并选择Data reduction with options，如图4所示。

▲图4 Data Reduction>>Data reduction with options

到“Step 5:Outlier rejection”步骤时，将“Use outlier rejection”中默认的“2/m (b-unique)”改为“2/m (c-unique)”（从下拉菜单中选择），如图5红色箭头所指。

▲图5 修改唯一轴选项

重新还原后经结构解析和精修，结果如图6所示，为单斜晶系第15号标准空间群C2/c，精修指标良好，无AB级警报。

▲图6 重新还原结果

参考文献

[1]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[2]    (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

[3]    RigakuOxford Diffraction, (2025), CrysAlisPro Software System, version1.171.44.91a, Rigaku Corporation, Wroclaw, Poland.