晶体测试案例84(非预期结构)

DJ_Tokyo

晶体测试案例84(非预期结构)

最近，同单位某课题组同学委托笔者帮忙测试一个含CHNO元素的手性化合物晶体，该晶体在样品瓶中结晶，如图1左所示，瓶底析出一些方块状晶体，如图1右所示。

▲图1 晶体观察

用刮勺捞出部分晶体置于载玻片上用二甲基硅油（PDMS, polydimethylsiloxane/Dimethicone,CAS: 9006-65-9）包裹并在在显微镜下观察，如图2所示，最终选择了蓝色箭头所指晶体用于测试。

▲图2 待测晶体

晶体尺寸经测量（参阅推文“布鲁克D8 VENTURE测量晶体尺寸操作步骤”或视频“APEX3 D8 Venture对心时晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1Cq4y1d7S5”“晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1hM4y1J71o”）为0.1613 × 0.1811 × 0.1858mm3，如图3‒5所示（由APEX3[1]呈现），尺寸无明显特征，可描述为块状（block）晶体，参阅视频“晶体尺寸和晶癖描述需保持一致：https://www.bilibili.com/video/BV1yb421B72r”。

▲图3 晶体尺寸测量

▲图4 晶体尺寸测量

▲图5 晶体尺寸测量

在晶体对心时，可顺便拍摄晶体照片（参阅推文“D8 Venture衍射仪拍摄晶体照片”）保存，可作为论文插图，如图6所示。

▲图6 仪器拍摄的晶体照片

预实验已知最大晶轴约为12 Å，为避免出现B级警报PLAT910（参阅推文“CheckCIF-PLAT910”），将探测器与晶体之间的距离由默认的39.00 mm增大为60.0 mm（参阅推文“CheckCIF-B级警报PLAT910解决示例”“晶体测试案例20(B级警报PLAT910)”），仅含CHNO元素，要确定绝对结构，所以光源选用铜靶，分辨率采用默认的0.81 Å，手性化合物，对称性选择Chiral (2)（布拉菲晶格Monoclinic P），计算得到的策略为23轮数据，其中第1轮为fastscan（无衰减），曝光时间为1秒，其他22轮曝光时间为10.0秒，步长为2.00°，预计总时长为4小时13分钟，如图7所示。

▲图7 初始数据收集策略

衍射较弱，为测得良好数据，做如下调整：将fastscan曝光时间改为10秒，其他22轮数据曝光时间改为20秒，总时长变为8小时50分钟，如图8所示。

▲图8 调整后数据收集策略

其衍射图如图9所示（由APEX4[2]呈现）。

▲图9 衍射图

测完后，数据最终结果如图10所示（由Olex2[3]呈现），结构是1,3-二环己脲（1,3-dicyclohexylurea, CAS: 2387-23-7），并不是预期的手性化合物，显然是体系中的副产物析出的晶体。

▲图10 最终结果

参考文献

[1]    Bruker (2018). APEX3 (Version 2018.7-2). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[2]    Bruker (2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[3]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。