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晶体数据如果存在AB级警报，则需要对其进行适当的解释说明，很多小伙伴对于如何在CIF[1]中填写解释有疑问。在CIF中填写解释说明，也就是所谓的Author response，其形式为其形式为如下所示的“# start ValidationReply Form”开始，“# endValidation Reply Form”结束的ValidationReply Form（验证答复表）（vrf为Validation ReplyForm的首字母缩写）： # startValidation Reply Form _vrf_EXPT005_sucrose ; PROBLEM:_exptl_crystal_description is missing RESPONSE:... ; _vrf_PLAT699_sucrose ; PROBLEM:Missing _exptl_crystal_description Value ....... Please Do ! RESPONSE:... ; _vrf_PLAT196_sucrose ; PROBLEM:No TEMP record and _measurement_temperature .NE. 293 Degree RESPONSE:... ; # endValidation Reply Form 获得上述验证答复表，通常有如下数种方式。 <checkCIF网站> 在checkCIF网站（http://checkcif.iucr.org/）上传CIF文件，并在“Output ValidationResponse Form”这一栏进行设置（默认为None），通常来说需要对A级和B级警报进行答复，则可以勾选第二个选项，如图1所示。（也可以根据自己需要勾选相应选项，本文以答复AB级警报为例。） ▲图1 Output Validation ResponseForm选项 案例CIF具有如图2所示AB级警报。 ▲图2 案例CIF的相关警报 在验证报告底部，图片上方有如图3所示红色内容。 ▲图3 checkCIF给出的验证答复表 若存在多个相同PLAT警报，则只给出一个_vrf_PLAT，如图4–5所示。 ▲图4 CCDC 2152637验证报告（2个PLAT973） ▲图5 CCDC 2152637验证报告（仅给出一个_vrf_PLAT973） 在CIF中，可以只对其中一个_vrf_PLAT973进行答复，或者将多个相同PLAT合并（手动编辑），如图6所示 ▲图6 合并的PROBLEM AuthorResponse会在每个相同PLAT下显示，如图7所示。有时候会出现只显示其中一个的情况，这种情况也是正常的，只要CIF中对每个不同的PLAT做了对应的答复即可，验证报告显示不全并不影响，毕竟验证报告看不到的内容可以直接查看CIF文件，所以只要CIF文件是完整的才是根本。 ▲图7 验证报告中多个相同PLAT显示的Author Response 如果在CIF中对多个相同的PLAT均进行答复，如图8所示。 ▲图8 CIF中对相同的多个PLAT进行答复 则会出现如图9所示的重复的数据名称（Duplicate dataname）语法问题（Syntax problems）从而导致无法进行结构验证。CIF中有两个相同的数据名称“_vrf_PLAT973_2b”（图8）。 ▲图9 语法问题 <PLATON> 用PLATON[2]也可以生成验证答复表，在PLATON主界面，点击Validation，如图10所示。 ▲图10 PLATON中的Validation选项 验证显示有如图11所示的AB级警报。 ▲图11 PLATON验证结果 PLATON运行结束后，生成三个文件，检查CIF产生的chk文件，检查FCF产生的ckf文件和检查VRF产生的vrf文件，如图12–13所示。 ▲图12 PLATON运行结束的对话框 ▲图13 PLATON运行产生的三个文件 用记事本的方式打开vrf文件，其内容如图14所示，将其填好并复制粘贴于CIF文件中或复制粘贴于CIF文件中后再填写均可。 ▲图14 PLATON产生的vrf文件 PLATON产生的vrf文件会列出所有相同PLAT警报列表（checkCIF只给出第一个，见上文），如图15所示。 ▲图15 vrf文件中列出所有相同的PLAT警报 PLATON仅对AB级警报产生vrf文件，所以如果CIF没有AB级警报，则PLATON不产生vrf文件。 checkCIF和PLATON需要手动将验证答复表填入CIF文件，验证答复表可以放置在CIF文件的任意位置，编者一般习惯将其放在CIF文件末尾。 <FinalCif> FinalCif也可以在CIF中填写验证答复表，打开CIF文件后，点击主界面底部的CheckCIF按钮，如图16所示。 ▲图16 FinalCif中的CheckCIF选项 点击底部的CheckcifOnline HTML，则上方会显示验证进度，如图17所示。 ▲图17 FinalCif中的Checkcif Online HTML选项 验证结束后，在中间窗口会给出最终验证结果（与上传checkCIF网站给出的形式相同），如图18所示。 ▲图18 验证结果 点击图18下方红色箭头所指的checkcif alerts，如图19所示，列出了所有警报的验证答复列表，在输入框中直接输入解释的内容即可，最后点击左下角的SaveResponse Forms。 ▲图19 FinalCif中填写验证答复表 填完后，再次进行验证，结果如图20所示。 ▲图20 通过FinalCif填写的验证答复表结果 FinalCif不会更改原始CIF文件，它会重新产生一个带有“-finalcif”名称的新CIF，其中验证答复表内容处于如图21所示位置。 ▲图21 FinalCif生成的CIF文件及其验证答复表 FinalCif中CheckCif Offline选项由PLATON执行，产生的验证报告如图22所示，该选项仅产生验证报告，并不产生图20所示的checkcif alerts选项，也不产生vrf文件。 ▲图22 FinalCif中CheckCif Offline选项 相关视频 如何在CIF中填写Author Respose：https://www.bilibili.com/video/BV11v411e7Zb FinalCif基操-作者回应(Author Response)的填写：https://www.bilibili.com/video/BV1vd4y1H7PQ 参考文献 [1](a) Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic InformationFile (CIF): a New Standard Archive File for Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. (b) Hall,S. R. The STAR File: A New Format for Electronic Data Transfer and Archiving. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. [2](a) Spek, A. L. Single-crystal structure validation with the program PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.
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发表于 2025-9-23 06:52:42
