审稿意见-B级警报PLAT220的解决示例

DJ_Tokyo

案例来源：Angew.Chem. Int. Ed.2023, e202312837.

DOI：10.1002/anie.202312837.

CCDC：2290011

图形用户界面：Olex2[1]（版本：Olex2-1.5）

精修程序：SHELXL[2]（版本：SHELXL-2019/2）

CIF文件下载：CCDC[3]官网

审稿意见：

Reviewer2, Comment 9: There is still a B alert in the Check_Cif which has beencommented by "Author Response: Due to disordered hexanes molecules."And authors address this in their commentation. But to me this seems to be aminor problem that can be solved with a little bit of care. Furthermore, howdoes squeeze - although I am not a fan of it - help here?

该数据B级警报如图1所示，审稿人指的是B级警报PLAT220，而至于B级警报PLAT910，这个是数据测试收集的问题，不是靠精修来解决，审稿人当然知道这点，所以并未对该警报提出问题。

▲图1 相关B级警报

该数据最初是笔者帮忙解析和精修的，当时遇到上述两个B级警报，实在没解决，就做了上述解释。最后还是逃不过审稿人。审稿人觉得PLAT220是个小问题，很好解决，虽然不喜欢squeeze，但还是建议试试看能否有所帮助。投稿时的数据如图2所示。

▲图2 投稿时提交的数据

假设该化合物主体结构即为A，则该数据代表的结构即为A·C6H14（类似于CuSO4和CuSO4·5H2O），论文作者表示元素分析是按A来计算的，而不是按照A·C6H14来计算的，确定了这一点后，笔者首先考虑PLAT220会不会是无序的正己烷占有率定高了，毕竟正己烷碳原子椭球相比于主体结构原子而言很大（虽然游离溶剂原子椭球普遍较大），所以考虑将正己烷占有率减半，即按照A·0.5C6H14来精修，虽然正己烷原子椭球变小了，看着也舒服多了，但是B级警报PLAT220仍然存在，而且其数值不变（10.0），如图3所示，另外R1和wR2均有所增大，这可能表明努力的方向不对。

▲图3 正己烷占有率减半结果

而且正己烷处的电子云密度图表明占有减半不对，该处确实应该是1个正己烷，而不是半个正己烷，如图4所示。

▲图4 正己烷占有率减半后的电子云密度

随后采用审稿人建议的squeeze，不过此处用Olex2中的SolventMask尝试了一下，将溶剂正己烷遮掩掉，结果不仅PLAT220还在且数值不变，还冒出了PLAT232，如图5所示，这表明溶剂遮掩不起作用。

▲图5 溶剂遮掩结果

上述尝试表明，对于本案例中的PLAT220问题，还是没有找到症结所在，仔细观察PLAT220的描述“NonSolvent Resd 1 CUeq(max)/Ueq(min) Range 10.0 Ratio”，该警报指的是非溶剂（NonSolvent）残基中碳原子Ueq的最大值和最小值的比值过大，其官方释义如图6所示。

▲图6 PLAT220具体释义

看来之前疏忽了，一直在溶剂（正己烷）上努力，对象搞错了，能有效果才有鬼了！进而仔细观察主体结构，发现有一个无序的异丙基第二组分的其中一个甲基碳椭球极小，Ueq仅为0.009，如图7所示。

▲图7 Ueq异常小的C41A

于是在ins中添加指令“EADP C41 C41A”使C41A的各向异性位移参数（ADP）与C41的ADP相同，如图8所示。

▲图8 最终精修结果

至此，找到症结并对症下药后，问题得到完美解决，如图9所示。

▲图9 问题解决后的最终数据checkCIF报告

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[3](a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a millioncrystal structures and rising. ActaCryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. TheCambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures andrising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.

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