晶体数据审稿意见-无序和残余峰(NatChem)

DJ_Tokyo

晶体数据审稿意见-无序和残余峰(NatChem)

案例来源：CCDC[1] 2354667. Nat. Chem. 2024, 17, 38–43. DOI[2]: 10.1038/s41557-024-01669-9.

审稿意见：

Compound 4: C38/42should be modelled as disordered. As this is the weakest of the data sets andthere is a single q peak (the largest one) left, is there a possibility that asolvent or anything else is missing in the model?

大意：

化合物4：C38/C42应建模为无序。由于这是数据集中最弱的一个，并且只剩下一个Q峰（最大的那个），所以模型中是否有溶剂或其他任何东西缺失的可能性？

▲图1 问题诉求

结构打开如图2所示（有Olex2[3]），无AB级警报，红圈圈出的都是相似的结构，其中左下角是审稿人提出的需要建模为无序的部分（红色结构式-CMe2CH2CH2CMe2-），但上面两个红色圈出的部分从差值电子密度差值图来看，显然也需要做无序处理。

▲图2 投稿状态

根据差值电子密度图，设计无序方案如图3所示。

▲图3 无序方案

按照无序方案，对该结构片段实施二组分无序处理，随后用SHELXL[4]指令SAME（参阅推文“SHELXL指令之SAME”）、和SIMU（参阅推文“SHELXL指令之SIMU”）分别对两个无序组分的几何结构和原子各向异性位移参数进行限制，结果如图4所示，-CMe2CH2CH2CMe2-附近差值电子密度图明显正常多了，R1从7.83%降为7.42%。

▲图4 -CMe2CH2CH2CMe2-无序处理结果

从图3‒4可以看出，最大残余峰Q1处在-PMe3的反向位置，并且差值电子密度图显示P原子可能不是全占位——即意味着-PMe3可能存在取向无序，于是对其进行二组分取向无序，随后用SAME指令（参阅推文“SHELXL指令之SAME”）、和SIMU指令（参阅推文“SHELXL指令之SIMU”）分别对两个无序组分的几何结构和原子各向异性位移参数进行限制，结果如图5所示，残余峰Max Peak从0.9降为0.7，R1从7.42%降为7.14%，wR2从20.60%降为18.45%。

▲图5 -PMe3二组分无序处理结果

二组分无序处理后，最大残余峰位于C75A附近，于是对-PMe3做了三组分无序处理，如图6所示，R1从7.14%降为6.95%，wR2从18.45%降为18.03%。

▲图6 -PMe3三组分无序处理结果

运行PLATON-TwinRotMat[5]，如图7所示，确实有一个孪晶法则。

▲图7 PLATON-TwinRotMat检测到的孪晶法则

将该孪晶法则加入精修，结果如图8所示，R1从7.14%降为6.69%，wR2从18.45%降为17.90%。

▲图8 加入孪晶法则精修的结果

最终，最大残余峰不在-PMe3基团附近。

视频操作演示请参阅：

晶体数据审稿意见-无序和残余峰(NatChem)：https://www.bilibili.com/video/BV1KdBrYcE3k

如需论文PDF文档和CIF[6]文件，请从以下链接下载：

链接:https://pan.baidu.com/s/1qyZ9JYbEpL8K0XfYEnM7tA

提取码: eycj

参考文献

[1]    (a) Allen, F. H. The Cambridge StructuralDatabase: A Quarter of a Million Crystal Structures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI: 10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.;Bruno, I. J.; Lightfoot, M. P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI: 10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.;Robertson, J. H.; Raithby, P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC).Comprehensive Coordination Chemistry III2021, 413–437. DOI: 10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

[2]    (a) International Organization forStandardization (2012). ISO 26324:2012. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System.http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization for Standardization(2022). ISO 26324:2022. Information andDocumentation – Digital Object Identifier System.https://www.iso.org/standard/81599.html

[3]    Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R.J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2:A Complete Structure Solution, Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst.2009, 42, 339–341. DOI:10.1107/S0021889808042726.

[4]    (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3,Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI:10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.;Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scatteringfactors for SHELXL – model,implementation and application. ActaCryst. 2019, A75, 50–62. DOI:10.1107/S2053273318013840.

[5]    (a) Spek, A. L. Single-Crystal Structure Validation with theProgram PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112. (b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI: 10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes aCrystal Structure Report Valid? Inorg.Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

[6]    (a) Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D.The Crystallographic Information File (CIF): A New Standard Archive File forCrystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。

如需PDF文档，请从以下链接下载：

通过网盘分享的文件：晶体数据审稿意见-无序和残余峰(NatChem).pdf

链接: https://pan.baidu.com/s/1JgXPKlEyHjgiImvLtkTRlw 提取码: 11rf