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[单晶结构] 无序示例-乙醇三组分无序

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发表于 7 天前 | 查看全部 |阅读模式
相关软件或概念:Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); SHELXL[2] (Version: SHELXL-2019/3)
最近,某高校友友求助处理晶体结构中的溶剂分子,拿到数据后,用Olex2打开,如1所示,乙醇的朝向明显不对,其羟基应该在左边作为水分子的氢键受体。
1 待处理数据初始状态
Olex2中用Fit功能将该乙醇分子调个头,同时调整水分子氢原子方向使其与该乙醇分子形成氢键,精修后,乙醇分子的椭球立即变得正常起来,并且R1wR2也降低了很多,如2所示。
2 调整方向后的乙醇分子
然而乙醇附近的电子云图表明该乙醇明显存在无序,如3所示。
3 乙醇附近电子云图
将最大残余峰Q1作为乙醇第二无序组分的氧原子坐标对该乙醇分子做二组分无序拆分处理,并用DFIX指令DANG指令SIMU指令对两个组分的键长键角和各向异性位移参数进行限制,结果如4所示,R1wR2进一步降低,Max Peak也降低了很多,然而乙醇附近的电子云图表明二组分无序仍然无法模拟该处的电子云密度。
4 乙醇二组分无序处理结果
于是对该乙醇分子做三组分无序处理:删除第二无序组分乙醇上的氢原子,然后用split功能对第二无序组分乙醇进行无序拆分,对于拆出来的第三无序组分乙醇分子,按住SHIFT键不放,用鼠标左键拖动来调整其位置,使之拟合残余峰,打开相关原子列表,如5所示。
5 拆出的三个组分
FVAR指令行最后添加1个自由变量(如给定初始值0.5),并将PART 3组分的占有率引向添加的这个自由变量,然后用SUMP指令将这三个组分的占有率进行线性组合,同时添加第三无序组分的键长键角和各向异性位移参数限制,如6所示。
6 三组分无序处理参数修改和设置
最终结果如7所示,R1wR2Max Peak均大幅降低,三个无序组分的占比精修为0.70376+ 0.16484 + 0.13141 = 1.00001
7 乙醇三组分无序处理结果
从电子云图来看,也许可以做四组分无序,如8所示。
8 乙醇三组分无序处理结果的电子云图
参考文献
[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.
[2](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.
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