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最近，香港某高校友友的晶体数据遇到如下审稿意见。 | 审稿意见 | 大意 | | The name after data needs to match compound/complex that which you registered the compound/complex as on CCDC. | data后的名称需要与您在CCDC上注册的化合物/配合物相匹配。 |
首先需要了解一点基本信息，投稿的时候提交给期刊的晶体数据是CIF[1]文件，申请CCDC[2]号的时候提交给CCDC的晶体数据是CIF文件。对于一个文件，有文件名（file name）作为该文件的标识符，有后缀名作为该文件的文件类型（filetype）的标识符，CIF文件（filename.cif）也是一样的，其后缀名为.cif。晶体数据则由数据名称（data name）作为标识符。 此处以论文“Sci. China Chem. 2023, 66, 117–126. DOI: 10.1007/s11426-022-1396-x.”中配合物1a为例来说明这个审稿意见的意思及其处理。在学术论文中，对于一个化合物或者配合物，通常会有一个代号来表示，如图1所示，中心金属为钇（Y）的配合物[(κ4-LMes)Y(CH2SiMe3)(THF)]用1a这个代号来表示，这样在行文中就能比较方便地叙述。 ▲图1 配合物代号 该配合物原始数据的文件名称和数据名称均为210312d，如图2所示。 ▲图2 原始数据的文件名称和数据名称 投稿前，为了使数据名称和论文中配合物代号保持一致，于是将其改为1a，如图3所示。（注意：虽然CIF文件可以用记事本的方式打开进行编辑，但不推荐这种修改方式，最好是找一个会进行结构精修的人帮忙修改，可参阅视频“Olex2调用XP更改文件名：https://www.bilibili.com/video/BV1ce411x7M6”、“晶体数据名称修改——无需任何程序或软件：https://www.bilibili.com/video/BV1HW4y1T7z5”。） ▲图3 修改后的文件名称和数据名称 文件名称可以自己进行重命名。 CCDC对于存储的CIF文件，会将文件名更改为CCDC号，例如上述案例配合物1a从CCDC下载的CIF文件的文件名和数据名称如图4所示，文件名变成了2152633，数据名称仍然是1a。（参阅推文“申请CCDC号后CIF有何改变：https://www.bilibili.com/video/BV1Zy421b7xS”） ▲图4 CCDC上下载的CIF文件的文件名和数据名称 晶体软件如Olex2[3]打开CIF文件时，识别的是数据名称，而不是文件名称，如图5所示。 ▲图5 Olex2打开CIF文件显示的数据名称 CIF的checkCIF/PLTON[4]报告识别的也是数据名称，如图6所示。 ▲图6 checkCIF/PLTON报告识别数据名称 相关视频 晶体数据审稿意见-数据名称问题：https://www.bilibili.com/video/BV1vr421g7cv 另外，遇到该审稿意见的友友，其化合物在论文中代号为“7”，于是笔者帮忙改成了“7”，然后对方导师又要求改为“compound 7”（吐槽：其实改为“7”就是符合审稿人的要求的，但既然对方要求了，那么作为帮助者也只能按要求修改了，关键是这个“compound 7”中间还有一个空格，可能会造成一些问题，不过笔者已经提醒过了，对方坚持己见那就没办法了）。 有关晶体数据名称的问题，如需了解，可查看以下视频： 晶体数据名称问题1：https://www.bilibili.com/video/BV1bd4y1T7Rd 晶体数据名称问题2：https://www.bilibili.com/video/BV1pa411K7Hj 晶体数据名称问题3：https://www.bilibili.com/video/BV1Ad4y1W7GW 晶体数据名称问题4：https://www.bilibili.com/video/BV1gh4y177xz 参考文献 [1] (a) Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D. TheCrystallographic Information File (CIF): a New Standard Archive File forCrystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Format forElectronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. (c) Hall, S. R.;Spadaccini, N. The STAR File: Detailed Specifications. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1994,34, 505–508. [2] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: aquarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. TheCambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures andrising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. [3]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. [4](a) Spek, A. L. Single-crystal structure validation with the program PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. 如需PDF文档，请从以下链接下载： 通过网盘分享的文件：晶体数据审稿意见-数据名称.pdf
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