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[单晶结构] 晶体测试案例57(挥发法培养晶体)

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发表于 5 天前 | 查看全部 |阅读模式
晶体测试案例57(挥发法培养晶体)
最近,同单位某课题组同学委托笔者帮忙测试一个含CHNO元素的非手性有机分子晶体,其实该晶体之前就来找笔者帮忙测试了,原先是在20毫升样品瓶中培养的晶体,甩在笔者这边后,一直没有预约机时进行测试,结果等了几天预约了机时后,笔者一看样品瓶,发现晶体已经溶解了,于是取消了所预约的机时,回去重新培养晶体,新的晶体在100毫升茄形瓶中培养的,如1所示。
1 100毫升茄形瓶中培养的晶体
将其从茄形瓶中捞出来(参阅视频“如何从溶液中将晶体捞出来:https://www.bilibili.com/video/BV15zfNYZEgY”)后置于载玻片上用二甲基硅油(C6H18OSi2, Dimethicone,CAS: 9006-65-9)覆盖,切割后选取了一个长方体晶体用于测试,如2红色箭头所指。
2 显微镜下的晶体
其晶体尺寸经测量(参阅推文“布鲁克D8 VENTURE测量晶体尺寸操作步骤”或视频“APEX3 D8 Venture对心时晶体尺寸的测量:https://www.bilibili.com/video/BV1Cq4y1d7S5”“晶体尺寸的测量:https://www.bilibili.com/video/BV1hM4y1J71o”)为0.2597 × 0.3179 × 0.5993mm3,如3‒5所示(由APEX3[1]呈现),从形状来看近似长方体,可描述为矩形棱柱体块状(rect. Prism/rectangular prism参阅视频“晶体尺寸和晶癖描述需保持一致:https://www.bilibili.com/video/BV1yb421B72r”。
3 晶体尺寸测量
4 晶体尺寸测量
5 晶体尺寸测量
在晶体对心时,可顺便拍摄晶体照片(参阅推文“D8 Venture衍射仪拍摄晶体照片”)保存,可作为论文插图,如6所示。
6 拍摄的晶体照片
测定晶胞可知其最大晶轴不超过18Å,为避免出现B级警报PLAT910(参阅推文“CheckCIF-PLAT910”),将探测器与晶体之间的距离由默认的39.00 mm增大为60.0 mm(参阅推文“CheckCIF-B级警报PLAT910解决示例”“晶体测试案例20(B级警报PLAT910)”),计算的初始数据收集策略如7所示,共6轮数据,其中前2轮为fastscan(第2fastscan添加了衰减),fastscan的曝光时间为1秒,其他4轮数据曝光时间为10秒,步长为1.40°,预计总时长为2小时4分钟。
7 初始数据收集策略
保留fastscan并将其曝光时间由程序给定的1秒改为5秒,步长则由程序给定的1.40°改为2.00°,总时长缩短为1小时52分钟,如8所示。
8 调整后的数据收集策略
其衍射图如9所示(由APEX4[2]呈现)。
9 衍射图
测完后,据处理结果如10所示(由Olex2[3]呈现),无AB级警报。
10 常规还原+孪晶法则精修结果
对其做孪晶拆分处理,结果如11–12所示,最终采用HKLF5文件精修结果。
11 孪晶拆分HKLF4文件精修结果
12 孪晶拆分HKLF5文件精修结果
参考文献
[1]    Bruker (2018). APEX3 (Version 2018.7-2). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.
[2]    Bruker (2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.
[3]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.
声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中可能存在疏漏错误,请不吝指正。
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