晶体数据审稿意见-溶剂遮掩程序选择

DJ_Tokyo

晶体数据审稿意见-溶剂遮掩程序选择

审稿意见：

Rigakuequipment is used; guest molecules in void should be approximated using Olex2solvent masks similar to SQUEEZE.

大意：

使用了理学（Rigaku）设备，孔隙中的客体分子应使用类似于SQUEEZE[1]的Olex2[2]溶剂遮掩（Solvent Mask[3]）进行近似。

审稿人的意思是，该晶体是理学单晶仪测试得到的数据（也有可能是用理学数据处理软件CrysAlisPro[4]处理得到的数据），那么要做溶剂遮掩应使用Olex2的Solvent Mask，而不是使用PLATON的SQUEEZE（原本使用的）。

笔者个人认为，不论使用Olex2的Solvent Mask还是PLATON的SQUEEZE，亦或者使用其他类似程序去除溶剂贡献（参阅推文“去除无序溶剂对计算结构因子的贡献”），都可以，这个没有硬性规定，不过去除的部分需要添加到总分子式中，参阅推文“Olex2中如何把溶剂遮掩内容添加到总分子式中(审稿意见)”。

但具体到审稿意见，既然审稿人提了要求，那么按照审稿人的要求修改即可。

视频讲解请参阅：

晶体数据审稿意见-溶剂遮掩程序选择：https://www.bilibili.com/video/BV1yLKNefE1t

参考文献

[1]    Spek, A. L. PLATON SQUEEZE: A Tool for theCalculation of the Disordered Solvent Contribution to the Calculated StructureFactors. Acta Cryst. 2015, C71, 9–18. DOI:10.1107/S2053229614024929.

[2]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[3]    Spek, A. L.; vander Sluis, P. BYPASS: An EffectiveMethod for the Refinement of Crystal Structures Containing Disordered SolventRegions. Acta Cryst. 1990, A46, 194–201. DOI:10.1107/S0108767389011189.

[4]   Agilent (2014). CrysAlisPRO. Agilent Technologies Ltd, Yarnton, Oxfordshire, England.

声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。