Olex2做无序处理时编号超过4个字符怎么办

DJ_Tokyo

Olex2做无序处理时编号超过4个字符怎么办

最近，B站上有小伙伴留言如图1所示问题，即Olex2[1]中对编号超过4个字符的原子做无序处理时，Olex2给的是相同编号。

▲图1 问题描述

首先，以下是Olex2中做无序处理时对无序组分原子的编号处理规则。

在Olex2中做无序处理时，对第二组分的原子编号Olex2是将其在第一组分原子编号的基础上添加字母A作为后缀进行区分，如果第一组分已经有字母后缀，则第二组分原子按字母顺序使用后一个字母作为后缀。

例如对C1做无序后，第一组分为C1，第二组分为C1A。

对C1A做无序处理后，第一组分为C1A，第二组分为C1B。

对C1B做无序处理后，第一组分为C1B，第二组分为C1C。

以此类推。

以上是原子编号的字符数量小于等于4的情况，在之前的推文“结构解析与精修中原子编号字符数量限制”中讲过原子编号不能超过4个字符（参阅推文“原子编号(Olex2结构解析与精修-Chem435学生指南)”），所以在Olex2中如果对4个字符编号的原子做无序处理，则Olex2不会使用字母后缀作为编号方案，而是数字递增方案。

例如对编号为C100（“C”“1”“0”和“0”共4个字符）的单个碳原子做无序处理，对于第二组分原子的编号，Olex2有以下两种处理情况：

（1）如果结构中没有比100更大编号的碳原子，则第二组分原子编号为C101（结构中C1–C99的编号已被占用）；

（2）如果结构中有比100更大编号的碳原子，例如C150，则第二组分原子编号为C151（结构中C1–C150的编号已被占用）。

如果同时对多个4字符编号原子做无序处理，例如对C100和C101做无序处理，对于第二组分原子的编号，Olex2有以下两种处理情况（因为原子编号方案具有方向性，Olex2无法判断向哪个方向进行递增编号，所以干脆给的相同编号并以红色显示进行提醒）：

（1）如果结构中没有比101更大编号的碳原子，则第二组分原子编号为C102和C102，需要手动将其中一个（或所有）碳原子编号进行修改，例如改为C102和C103（结构中C1–C99的编号已被占用）；

（2）如果结构中有比101更大编号的碳原子，例如C150，则第二组分原子编号为C151和C151，需要手动将其中一个（或所有）碳原子编号进行修改，例如改为C152和C153（结构中C1–C150的编号已被占用）。

以上情况都是编号1–100均被占用的情况，如果前面的编号存在没有被占用的情况，那么Olex2会优先赋予无序第二组分原子最小的编号。

视频操作演示和讲解请参阅：

Olex2做无序处理时编号超过4个字符怎么办：https://www.bilibili.com/video/BV17iZYY6E4U

参考文献

[1]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

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