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[python编程] python库(5个): 晶体学相关

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发表于 2025-7-6 18:01:27 | 查看全部 |阅读模式
1. PyXtal
主页:https://pyxtal.readthedocs.io/en/latest/
安装:pip install pyxtal         # 安装最新稳定版
pip install --upgrade pyxtal  # 升级至最新版本
介绍:PyXtal 是一个开源的 ​Python 晶体结构生成与对称性分析工具包,核心功能​包括:​多维结构生成​,​对称性操作与兼容性分析,由内华达大学拉斯维加斯分校的 ​Qiang Zhu​ 和 ​Scott Fredericks​ 团队开发。其核心目标是通过对称性约束(空间群、Wyckoff位置等)生成原子/分子晶体结构,为材料设计、高通量计算和结构预测提供基础支持。

2. reciprocalspaceship
主页:https://rs-station.github.io/reciprocalspaceship/
安装:pip install reciprocalspaceship
conda install -c conda-forge reciprocalspaceship
介绍:reciprocalspaceship 是一个专为处理晶体学倒易空间数据设计的 Python 库,通过类似 pandas 的接口简化衍射数据的分析与操作。核心功能包括对称性操作与空间群处理,​结构因子计算与数据处理,支持与 ​CIF 格式互转等

​3. PyXRD
安装:pip install pyxrd
介绍:PyXRD 是 PyXtal 库的衍射分析扩展模块,PyXRD的主要功能包括:XRD数据导入(支持.xy、.raw等格式)、峰位识别(内置算法可以自动找衍射峰)、物相分析(自带数据库匹配晶相)、数据可视化(与matplotlib集成)、定量分析(Rietveld精修)。这些功能覆盖了XRD数据分析的主要工作流程。PyXRD 凭借其 ​简洁的 API 设计、全流程分析能力​ 和 ​开源免费特性,已成为材料科学与药学领域 XRD 分析的标杆工具,大幅降低实验数据处理门槛。

​4. robocrystallographer
主页:https://hackingmaterials.lbl.gov/robocrystallographer/
安装:pip install robocrys  # 核心库
pip install openbabel # 可选依赖,用于分子识别(推荐安装)
conda install -c conda-forge robocrystallographer openbabel
介绍:​robocrystallographer库由劳伦斯伯克利国家实验室开发,专注于自动化生成晶体结构的文本描述与分析,通过结合对称性、局部环境和全局连接性分析,生成类似人类专家撰写的晶体结构描述。其功能分为三个层次:​全局结构分析​(空间群与晶系识别;维度分类;​矿物原型匹配);​局部与半局部环境分析​(配位多面体描述;多面体连接性;分子识别​);​文本描述生成​;​与 Materials Project 集成​。

5. PyCifRW
主页:https://pypi.org/project/PyCifRW/
安装:pip install PyCifRW
介绍:PyCifRW 是一个专注于读写和解析 ​CIF(晶体学信息文件)​​ 的 Python 库,广泛应用于材料科学、化学和矿物学领域。其主要功能包括:​CIF 文件读写;​晶体结构处理;数据查询与操作。

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发表于 2025-7-6 21:04:05 | 查看全部
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