Olex2做单胞堆积图

DJ_Tokyo

示例结构如下图所示：

在命令行输入packcell指令得到单胞堆积图，如下图所示：

在命令行输入cell指令得到单胞框，如下图所示：

可以看出上图即为该结构在一个单胞中的堆积状况，所以结构均在该单胞内，超出该单胞的结构均没有显示出来，这时我们可以输入指令grow -w将哪些不完整的片段生长完全，如下图所示：

随后调整视角，可以用指令matr指令来查看方向，例如matr 1或matr a或matr 100这三个指令都是查看a轴方向，如下图所示：

同理，matr 2或matr b或matr 010这三个指令均为查看b轴方向，如下图所示：

同理，matr 3或matr c或matr 001这三个指令均为查看c轴方向，如下图所示：

例如我们以b轴为例，将其方向稍作调整，如下图所示：

随后在Work菜单下的Draw子菜单中的Bitmap Images一栏中进行设置，如在Type一栏可以设置输出图片类型，可以根据需要选择是否勾选TransparentBackground(透明背景)，在Resolution (DPI)这一栏设置分辨率，特别要注意的是一定要去掉Trim勾选，否则输出的图片其分辨率均为96 DPI：

设置完成后点击上图红色箭头所指的Go!按钮即可输出图片，例如勾选Trim选项后输出的tif图片如下图所示，其大小为3.18M：

分辨率为96 dpi，如下图所示：

若不勾选Trim，则输出的tif图片如下图所示，其大小为607KB：

其分辨率为设置的300 dpi，如下图所示：

输出的图片如下图所示：

例如DaltonTrans.杂志对图片要求如下：

High quality figures

EITHER

embedded in a doc(x) file

OR

as numbered figures in separate files in .tif, or .eps format, with a resolution of 600 dpi or greater and structures preferably asChemDraw files. Chemwindow files (.cwg/.cw2), ISIS/Draw exported in sketchformat (.skc) and ChemSketch exported in ChemDraw format (.cdx) may also besupplied.

另外Olex2也可以输出Postscript Images，如下图所示：

得到eps文件，如下图所示：

然后在Photoshop中新键一个画布，如下图所示：

例如新建一个1200×937大小的画布：

随后置入该eps文件，如下图所示：

在弹出的置入对话框中选择该eps文件，然后点击置入按钮：

将其调整为与画布大小相同后，点击红色箭头所指的按钮：

然后在图像下拉菜单中选择图像大小，如下图所示：

在弹出的图像大小对话框中设置分辨率，例如设置为300，如下图所示：

设置好分辨率后，点击确定后如下图所示：

然后输出tif图片，在文件下拉菜单中选择储存为，如下图所示：

在格式一栏中选择tif格式，如下图所示：

点击确定后弹出TIFF选项对话框，如下图所示，根据自己需要进行设置，设置完成后点击确定即可：

输出后的文件如下图所示，大小为38.3M：

其分辨率为300dpi，如下图所示：

其图像如下图所示(其中虚线为氢键)：

若要输出彩图，则在PostscriptImages中将ColouredAtoms和Colouredbonds勾上，如下图所示：

效果如下图所示：

若想要球棍图而不是椭球图，则勾选Pers即可，如下图所示：

其他设置可以根据自己需要进行设置。

视频版教程请参考视频：https://www.bilibili.com/video/av50616403

希望本文对大家有所帮助。

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