Olex2作图-绕轴螺旋链

DJ_Tokyo

Olex2作图-绕轴螺旋链

利用Olex2作一幅如下图所示的晶体结构图，其中的金属原子环绕中心轴呈螺旋链排布：

晶体结构数据来源：文献(CrystEngComm,2010, 12, 1147)中的一个数据，下载该文献cif附件后用Olex2打开，如下图所示为1号数据，在Home下Multiple Dataset中可以直接选择其他2-7号中的任意一个数据，本例使用1号数据作为演示。

首先将独立的氧原子删除，然后做出堆积图，例如使用指令pack 20，得到如下图所示堆积图：

使用指令matr 3调整视图角度，得到如下图所示视图：

使用Shift + LeftMouse组合选择其中一个单元结构，这里要注意的是把需要的键也都选中：

然后使用指令sel –i或者快捷组合键“Ctrl + I”进行反选：

点击键盘上的Delete键删除，即可得到我们需要的结构单元：

这时使用指令sel $M $N选中所有金属原子和氮原子，并键入指令line后回车，得到一条线，调整角度后可以看到这条线及其长度：

删除这条线的长度显示，选中该数字并点击Delete键即可。将鼠标放在该线上并单击鼠标右键，在弹出的菜单栏中选择Radius，在弹出的对话框中更改线条半径，例如改为15：

设置好半径后点击OK即可，如下图所示：

将鼠标放在该线条上，单击鼠标右键，在弹出的菜单栏中选择Graphics >> Draw style，在弹出的Material Parameters中将Bottom cone和Top cone两部分的颜色(Ambient Front)改成自己想要的颜色，并设置透明度(Translucent)：

得到如下图所示效果图：

然后再更改金属原子大小，首先用sel $M选中所有金属原子，然后在屏幕空白处单击鼠标右键，选择Draw style >> Ball & sticks：

并在DrawPlus中设置所选原子的半径：

得到如下图所示结果：

最后是更改背景颜色，使用指令grad调出Gradient对话框，将屏幕四个角改成任意想要的颜色：

即可得到如下图所示结果：

可以输出各种格式的图片，例如Bitmap Images中的各种bmp、png、jpg、tif等：

以及PS可编辑的eps格式文件：

以及Pov-ray文件等。

参考文献：

1. cif文件来源：Yuan, G.; Shao, K.-Z.; Wang, X.-L.; Lan, Y.-Q.; Du,D.-Y.; Su, Z.-M. A series of novel chiral lanthanide coordination polymers withchannels constructed from 16Ln-based cage-like building units. CrystEngComm, 2010, 12, 1147-1152.

2. 作图方法参考：http://www.olexsys.org/Documentation/ArticleId/81/drawing-a-helical-chain-around-an-axis

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