晶体测试案例56(手性化合物-钼靶)

DJ_Tokyo

晶体测试案例56(手性化合物-钼靶)

最近，同单位某课题组同学委托笔者帮忙测试一个含CHOFSBr元素的轴手性化合物，该化合物中含有比Si更大的元素（S和Br），因此测定绝对结构使用钼靶作为辐射光源即可。其样品如图1所示，有大颗块状的，也有小颗片状的。

▲图1 晶体样品

因为晶体较大颗，因此从溶液中捞出来后进行了切割，最终挑选了如图2红色箭头所指的那颗晶体进行测试。

▲图2 挑选的待测晶体

其晶体尺寸经测量（参阅推文“布鲁克D8 VENTURE测量晶体尺寸操作步骤”或视频“APEX3 D8 Venture对心时晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1Cq4y1d7S5”“晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1hM4y1J71o”）为0.3874 × 0.4396 × 0.66194mm3，如图3‒5所示（由APEX3[1]呈现），无明显特征，可描述为块状（block）晶体，参阅视频“晶体尺寸和晶癖描述需保持一致：https://www.bilibili.com/video/BV1yb421B72r”。

▲图3 晶体尺寸测量

▲图4 晶体尺寸测量

▲图5 晶体尺寸测量

在晶体对心时，可顺便拍摄晶体照片（参阅推文“D8 Venture衍射仪拍摄晶体照片”）保存，可作为论文插图，如图6所示。

▲图6 拍摄的晶体照片

因为测绝对结构通常需要比较多的数据，因此为了节省总的数据收集时间，可以在前面花点时间，于是照3秒曝光时间测定了一轮fastscan共180帧衍射照片（约10分钟）。

用fastscan的180帧衍射照片进行数据还原解析，结果如图7所示（由Olex2[2]呈现），确定其为单斜晶系第4号空间群P21（手性空间群），最大晶轴约17 Å，后面正式数据收集曝光时间设置为4秒，衍射图如图8所示（由APEX4[3]呈现）。

▲图7 预实验结果

▲图8 衍射图

预实验已知最大晶轴约为17 Å，为避免出现B级警报PLAT910（参阅推文“CheckCIF-PLAT910”），将探测器与晶体之间的距离由默认的39.00 mm增大为60.0 mm（参阅推文“CheckCIF-B级警报PLAT910解决示例”“晶体测试案例20(B级警报PLAT910)”），分辨率为程序默认的0.68 Å改为0.77 Å（节省时间），手性化合物，对称性选择Chiral (2)，辐射光源选择钼靶，计算得到的策略为4轮数据，其中第1轮为fastscan（添加了衰减），步长为程序给定的1.30°，曝光时间为程序给定的10.0秒，预计总时长为2小时21分钟，如图9所示。

▲图9 据收集策略

最终处理结果如图10所示，为正交晶系第19号空间群P212121（手性空间群），无AB级警报。

▲图10 最终结果

参考文献

[1]    Bruker (2018). APEX3 (Version 2018.7-2). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[2]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[3]    Bruker (2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

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