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晶体测试案例55(溶剂挥发干涸) 最近，同单位某课题组同学委托笔者帮忙测试一个含CHNO元素的非手性纯有机物晶体，该样品是在5毫升品瓶中培养单晶的，找笔者帮忙测试时溶剂已经挥发干涸，瓶底析出了密密麻麻的晶体，如图1所示。
▲图1 晶体样品 在显微镜下观察瓶底晶体，如图2所示，有些聚集成簇，有些则是片状。 ▲图2 显微镜下瓶底晶体 晶体在瓶体粘黏十分牢固，于是用刮勺强行刮下一些，将其放在载玻片上用二甲基硅油（C6H18OSi2, Dimethicone,CAS：9006-65-9）覆盖，在显微镜下观察，晶体一来聚集成簇，二来表面附着的小晶体也会产生衍射信号从而影响数据处理或数据质量（理想情况是不要让溶剂挥发干涸，在有溶剂的情况下从母液中讲晶体捞出，这样晶体表面就不会有小晶体析出附着其上，当然，如果溶液浓度过大，那么捞出的晶体表面母液挥发后也会有小晶体析出附着其上，那就需要清洗了），基于以上两点，对上图晶体进行切割（笔者采用的方法是用粉刺针将晶体直接捣碎，然后在碎片中寻找或再次切割从而得到合适晶体），最终选定如图3红色箭头所指晶体进行测试。 ▲图3 切割挑选好的待测晶体 其晶体尺寸经测量（参阅推文“布鲁克D8 VENTURE测量晶体尺寸操作步骤”或视频“APEX3 D8 Venture对心时晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1Cq4y1d7S5”“晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1hM4y1J71o”）为0.0685 × 0.4431 × 0.7389mm3，如图4‒6所示（由APEX3[1]呈现），最小的尺寸不足其他两个尺寸的二分之一，可描述为片状（plate）晶体，参阅视频“晶体尺寸和晶癖描述需保持一致：https://www.bilibili.com/video/BV1yb421B72r”。 ▲图4 晶体尺寸测量 ▲图5 晶体尺寸测量 ▲图6 晶体尺寸测量 ▲图7 拍摄的晶体照片 测定晶胞可知，其晶胞最大轴长不超过17 Å，避免出现B级警报PLAT910（参阅推文“CheckCIF-PLAT910”），将探测器与晶体之间的距离由默认的39.00 mm增大为50.0 mm（参阅推文“CheckCIF-B级警报PLAT910解决示例”“晶体测试案例20(B级警报PLAT910)”），分辨率s设为0.77 Å，非手性化合物，对称性选择-1，辐射光源选择钼靶，计算得到的策略为6轮数据，其中前2轮为fastscan（第2轮添加了衰减），步长设为2.00°，曝光时间由程序给定的10.0秒改为13.0秒，保留2轮fastscan并将其曝光时间改为10.0秒，预计总时长为2小时44分钟，如图8所示。 ▲图8 数据收集策略 其衍射情况如图9所示（由APEX4[2]呈现）。 ▲图9 衍射图 测完后，经数据还原和结构解析及精修的最终结果如图10所示（由Olex2[3]呈现），无AB级警报。 ▲图10 数据结果 参考文献 [1] Bruker(2018). APEX3 (Version 2018.7-2). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA. [2] Bruker (2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA. [3] Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726. 声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。 如需PDF文档，请从以下链接下载： 通过网盘分享的文件：晶体测试案例55(溶剂挥发干涸).pdf
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发表于 2025-7-1 06:44:44
