无法消除的B级警报PLAT430案例7

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无法消除的B级警报PLAT430案例7

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1]    Crystallographic tool: PLATON[2]

最近，有一个晶体数据处理到最后发现有如图1所示B级警报PLAT430（参阅推文“CheckCIF-PLAT430”）。

▲图1 B级警报PLAT430

观察相关原子（O2和O14）周围环境，如图2所示。

▲图2 B级警报PLAT430所涉及的氧原子周围环境

如图3所示，化合物X中的胺基和羰基形成分子内氢键，而后通过分子间氢键形成了“···O···H···O···H”四元环二聚体（注：胺基的另一个氢和结构中其他氧形成氢键），从而使得两个氧原子之间的距离小于2.9 Å从而触发了上述B级警报PLAT430。

▲图3 氢键网络

通过上述分析可知，该B级警报PLAT430无法消除，因此只能解释，大概组织一下语言，生成的验证报告如图4所示。

▲图4 对PLAT430的解释说明

视频讲解请参阅：

CheckCIF-无法消除的PLAT430警报5：https://www.bilibili.com/video/BV1zLtcefEw7

参考文献

[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.    [2] (a)  Spek, A. L. Single-Crystal Structure Validation with the Program PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112. (b) Spek, A. L. Structure Validation in  Chemical Crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. DOI: 10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure  Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:  10.1016/j.ica.2017.04.036. (d)  Spek, A. L. checkCIF Validation  ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

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