晶体测试案例53(溶剂挥发干涸)

DJ_Tokyo

晶体测试案例53(溶剂挥发干涸)

最近，同单位某课题组同学委托笔者帮忙测试一个含CHNO元素的非手性纯有机物晶体，该样品是在20毫升带盖样品瓶中培养单晶的，找笔者帮忙测试时溶剂已经挥发干涸，瓶底中间是一些小晶体，而在瓶底边缘一圈则是大颗晶体，如图1所示。

▲图1 晶体样品

用刮勺捞出一颗大晶体，将其放在载玻片上用二甲基硅油（C6H18OSi2, Dimethicone, CAS：9006-65-9）覆盖，在显微镜下观察，如图2所示，由于溶剂挥发干涸，在晶体表明有不少细小晶体析出。

▲图2 晶体表明的小晶体

上图晶体一来太大，二来表面的小晶体也会产生衍射信号从而影响数据处理或数据质量（理想情况是不要让溶剂挥发干涸，在有溶剂的情况下从母液中讲晶体捞出，这样晶体表面就不会有小晶体析出附着其上，当然，如果溶液浓度过大，那么捞出的晶体表面母液挥发后也会有小晶体析出附着其上，那就需要清洗了），基于以上两点，对上图晶体进行切割（笔者采用的方法是用粉刺针将晶体直接捣碎，然后在碎片中寻找或再次切割从而得到合适晶体），最终选定如图3红色箭头所指晶体进行测试。

▲图3 切割挑选好的待测晶体

其晶体尺寸经测量（参阅推文“布鲁克D8 VENTURE测量晶体尺寸操作步骤”或视频“APEX3 D8 Venture对心时晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1Cq4y1d7S5”“晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1hM4y1J71o”）为0.3012 × 0.3564 × 0.44821mm3，如图4‒6所示（由APEX3[1]呈现），无明显特征，可描述为块状（block）晶体，参阅视频“晶体尺寸和晶癖描述需保持一致：https://www.bilibili.com/video/BV1yb421B72r”。

▲图4 晶体尺寸测量

▲图5 晶体尺寸测量

▲图6 晶体尺寸测量

在晶体对心时，可顺便拍摄晶体照片（参阅推文“D8 Venture衍射仪拍摄晶体照片”）保存，可作为论文插图，如图7所示。

▲图7 拍摄的晶体照片

测定晶胞可知，其晶胞最大轴长不超过16 Å，避免出现B级警报PLAT910（参阅推文“CheckCIF-PLAT910”），将探测器与晶体之间的距离由默认的39.00 mm增大为60.0 mm（参阅推文“CheckCIF-B级警报PLAT910解决示例”“晶体测试案例20(B级警报PLAT910)”），分辨率s设为0.77 Å，非手性化合物，对称性选择-1，辐射光源选择钼靶，计算得到的策略为6轮数据，其中前2轮为fastscan（第2轮添加了衰减），步长设为2.00°，曝光时间为程序给定的10.0秒，保留2轮fastscan并将其曝光时间也改为10.0秒，预计总时长为89分钟，如图8所示。

▲图8 数据收集策略

其衍射情况如图9所示（由APEX4[2]呈现）。

▲图9 衍射图

测完后，经数据还原和结构解析及精修的最终结果如图10所示（由Olex2[3]呈现），无AB级警报。

▲图10 数据结果

参考文献

[1]    Bruker(2018). APEX3 (Version 2018.7-2). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[2]    Bruker (2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[3]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。

如需PDF文档，请从以下链接下载：

通过网盘分享的文件：晶体测试案例53(溶剂挥发干涸).pdf

链接: https://pan.baidu.com/s/1eadIBGht2dBJ3LBVBGgCgA 提取码: 4jqf