Olex2中椭球率的设置

DJ_Tokyo

Olex2中椭球率的设置

阅读文献的过程中，在晶体图的标题中经常会见到椭球率，例如2018年的某篇文献[1]中Figure 1中的15% probability thermal ellipsoids，这个晶体结构透视图中的椭球率即设置为15%，该图由软件Ortep3[2]所做，该软件中椭球率的设置步骤为：打开晶体数据后，在界面空白处单击鼠标右键，在弹出的菜单栏Ellipsoid Probablity展开栏中直接点击想要设置的椭球率(5-99)即可，如下图右所示，这一点在以前的推文《Ortep作图》中有详细的介绍。

用shelxtl中子程序XP作图则可以使用指令“TELP”来进行设置，《单晶结构分析原理与实践》[3]一书中关于该指令描述如下：

该互动子程序用于画图、保存文件，所保存图形可通过RAST指令打印。TELP a b c dKEYWORDS[ent]其中参数a表示立体角度，参数b表示位移椭球体的概率百分比，正的数值表示球棍模型，负的数字表示位移椭球体，-30~-50%通常能较为清晰地展示每个原子的位移的情况；参数b表示键的半径，缺省值是0.09，但0.05给出较细的连线让图形更为清晰。参数d定义两个立体图之间的距离。程序将要求键入保存图形的文件名，KEYWORDS=CELL将在图形中插入晶胞图，TELP[ent]将产生规格化的球棍图，TELP 0 –30 0.05 LESS $H[ent]将产生椭球图（概率为30%）,键的半径（或半宽度）是0.05，将不画出所有的氢原子。

具体用法老司机都知道，本文侧重点不在于此，因此不再赘述。

文献中Olex2作图的使用也越来越多，例如2016年的某篇文献[4]中Figure 3，该晶体结构透视图即为Olex2所做，从其标题中可以看出该透视图椭球率设置为50%：

在Olex2中如何自由地设置模型图的椭球率呢？这一问题也困扰了小编很长时间，不过最近终于摸索出了设置方法，在此介绍给大家，希望对大家有所帮助。实际上要设置椭球率非常简单，还是使用“telp”指令，不过在Olex2中该指令的使用与shelxtl中子程序XP中的用法有所不同，Olex2中比较简单，如果要设置椭球率为30%，则只需要在Olex2中指令输入区中键入指令“telp 30”再回车即可，也可以设置其他的任意椭球率，经验证，Olex2中默认椭球率为50%。

参考文献：

[1] Huang, Z.; Wang, S.; Zhu, X.; Yuan, Q.; Wei,Y.; Zhou, S.; Mu, X. Inorg. Chem. 2018, 57, 15069-15078.

[2] Farrugia, L. J. WinGX and ORTEP for Windows:an update. J. Appl. Cryst. 2012, 45, 849-854.

[3] 陈小明，蔡继文，单晶结构分析原理与实践 (第二版)，科学出版社，2007.

[4] Chambers, G. M.; Huynh, M. T.; Li, Y.;Hammes-Schiffer, S.; Rauchfuss, T. B. Inorg.Chem. 2016, 55, 419-431.

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