无序示例-邻甲苯基二组分无序

DJ_Tokyo

无序示例-邻甲苯基二组分无序

最近，上海某高校小伙伴遇到如图1所示问题。

▲图1 问题描述

收到数据后，用Olex2[1]打开，按Ctrl + M查看其差值电子密度图，以及该基团椭球形变情况，如图2所示，左侧亚甲基碳椭球很正常，而整个邻甲苯基椭球形变非常严重，形变方向基本绕左侧亚甲基碳所在键旋转，越远离亚甲基碳，椭球形变越严重。

▲图2 邻甲苯基原子椭球及其附近差值电子密度图

根据上述观察，可以设计如图3所示二组分无序方案。

▲图3 无序方案设计

正因为存在上述设想的无序方案，邻甲苯基存在两个取向，而无序处理之前，这个邻甲苯基试图拟合这两个构象，所以原子椭球形变严重。

按照所设计的无序方案进行无序处理，对两个无序组分的几何结构用SHELXL[2]指令SAME（参阅推文“SHELXL指令之SAME”）进行约束，原子各向异性位移参数则以SIMU指令（参阅推文“SHELXL指令之SIMU”）进行限制，苯环中碳碳键键长则以DFIX指令（参阅推文“SHELXL指令之DFIX”）进行限制，1,3-碳碳距离则以SADI指令（参阅推文“SHELXL指令之SADI”）进行限制，苯环以及与之直接相连的碳原子用FLAT指令（参阅推文“SHELXL指令之FLAT”）限制为共面，精修结果如图4所示，两个无序组分原子椭球正常，差值电子密度图也很干净。

▲图4 无序处理结果

视频讲解请参阅：

无序示例-邻甲苯基二组分无序：https://www.bilibili.com/video/BV1Xs6oYWEZT

参考文献

[1]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[2]    (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen, Germany,2019. (b) Sheldrick, G.M. A Short History of SHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI:10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218.(d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.;Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical ScatteringFactors for SHELXL – Model,Implementation and Application. ActaCryst. 2019, A75, 50–62. DOI:10.1107/S2053273318013840.

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