Olex2中如何加氢

DJ_Tokyo

Olex2中如何加氢

当使用Olex2进行单晶解析时，在找出完整结构模型后，可能需要对结构进行加氢处理，一种方法是根据电子密度峰(Electron Density Peaks)，即Q峰(Q-peaks)来寻找氢原子，不过这种方法对于需要加很多氢原子的结构来说比较繁琐，因此该方法通常用来寻找活泼氢，通常是能够形成氢键的氢原子。另一种方法就是让程序进行自动加氢，也就是理论加氢。在Olex2中，加氢按钮在Work菜单下的Toolbox Work中，如下图红色方框所示的"Add H"按钮，若该按钮前面的方框打勾，则点击该按钮后程序会根据结构模型各个需要加氢的原子的几何构型对其加氢并按照当前精修设置进行精修；若该按钮前面的方框没有打勾，则程序只只进行加氢动作，不进行精修。

在命令区——即Olex2图形窗口左下角——使用指令"hadd"也可以对全部结构模型进行加氢处理，该指令与上述"Add H"(前面的方框不打勾)功能相同。如果要对具体某个原子进行加氢(例如该原子几何构型扭曲严重，导致程序无法自动加氢或加氢错误)，则可以在Tools菜单下的Hydrogen Atoms中进行加氢，如下图所示。首先将需要加氢原子上的错误类型的氢原子删除，然后根据需要选择要加氢的类型，并点击该按钮，然后再点击相应的原子，则可以强制性对该原子加上想要的类型的氢原子。

例如，对一个亚甲基碳进行加氢，首先在HydrogenAtoms下点击sp3后面的亚甲基类型氢原子的按钮(如下图红色箭头所示)，点击该按钮后，鼠标光标将变成一个分数形式，上面是数字23，下面是hfix，如下图所示，这时用该光标点击需要加氢的碳原子，则程序会强制性给该碳原子加上亚甲基类型的氢原子，如下图右上红色方框所示。

除上述方法外，还可以使用指令"namemn"来对原子进行加氢，该指令的使用方法是：先选中需要加氢的原子，然后执行该指令。例如上述亚甲基碳的加氢，首先选中该碳原子，然后执行指令"name 23"即可对该碳原子实现加氢操作，如下图所示。

常见加氢指令：

Command	Hydrogen Type
hadd 13	CH
hadd 23	CH2
hadd 137	CH3
hadd 43	Ar-H, =CH—
hadd 93	=CH2
hadd 147	OH

关于指令"namemn"中的m和n的含义，大家可以去如下网址查看：

http://shelx.uni-goettingen.de/shelxl_html.php#AFIX

关于Olex2加氢操作的视频教程，大家可以去如下网址查看(本人B站帐号：DJ_Tokyo)：

https://www.bilibili.com/video/av47219613

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