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晶体数据审稿意见-奇怪的非整数数量水分子 案例来源：CCDC[1] 2327336. Inorg. Chem. 2024, 63, 16274–16283. DOI[2]: 10.1021/acs.inorgchem.4c02210. 审稿意见： -I am a little concerned by the calculated moiety formula listedin the CheckCIF for Mn-1. According to the calculated formula there are 3.8(H0.40 O0.2) molecules. I do not understand where these partial atoms come fromand why there is a discrepancy with the reported values. -Are the standard uncertainties for the unit cell dimensions andangles for Mn-1 correct? I note they are all the same (10) and the values areall '0' in the final decimal place. 大意： 我对Mn-1的CheckCIF中列出的计算部分分子式有点担心。根据计算分子式，有3.8个(H0.40 O0.2)分子。我不明白这些部分原子来自哪里，以及为什么与报告的值存在差异。 Mn-1晶胞尺寸和角度的标准不确定度是否正确？我注意到它们都是相同的(10)，并且值在最后一位小数处都是“0”。 第一条审稿意见，数据的CheckCIF报告如图1所示，Reported这列就是CIF[3]文件中直接读取的数据，而Calculated这列是CheckCIF系统根据CIF文件中读取的数据计算所得，CIF中“_chemical_formula_moiety”条目（参阅推文“CIF核磁词典-CHEMICAL_FORMULA”）为“C17 H20 Mn N2 O6, O4 S, 3(H2 O)”（图2），然而Calculated这列中Moiety formula却是“C17 H20 Mn N2 O6, O4 S, 3.8(H0.40 O0.2)”，审稿人对此产生了疑问，请作者解决或解释。 ▲图1 CCDC 2327336的checkCIF验证报告 ▲图2 CCDC 2327336 CIF中分子式 用Olex2[4]打开该晶体数据，如图3所示，游离的水分子做了五组分无序处理，从CIF中报告的分子式来看，精修程序SHELXL[5]是能够正确给出分子式的，然而checkCIF系统却给出了“3.8 (H0.40 O0.2)”。 ▲图3 五组分处理的水分子 后来对这些水分子重新分组，编号，将其中一个做二组分无序处理，另外三个做三组分无序处理，根据差值电子密度图将其占有率总和定为约1.25，这时checkCIF中Calculated和Reported的分子式均正常，如图4所示。 ▲图4 重新处理结果 视频讲解和演示请参阅： 晶体数据审稿意见-奇怪的非整数数量水分子：https://www.bilibili.com/video/BV1NbUwYkEbg 如需论文PDF文档和CIF文件，请从以下链接下载： 提取码: 9zc5 参考文献 [1] (a) Allen, F. H. The CambridgeStructural Database: A Quarter of a Million Crystal Structures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M. P.;Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby, P. R.Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI:10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2. [2] (a) International Organization forStandardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – DigitalObject Identifier System. http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Library and Information Sciences. FourthEdition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital Object Identifier (DOI)and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI: 10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization for Standardization(2022). ISO 26324:2022. Information and Documentation – Digital ObjectIdentifier System. https://www.iso.org/standard/81599.html[3] (a)Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File(CIF): A New Standard Archive File for Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005. [4] Dolomanov, O. V.; Bourhis,L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution, Refinement and Analysis Program.J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI:10.1107/S0021889808042726. [5] (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program forCrystal Structure Refinement, University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A ShortHistory of SHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI:10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G.M. Crystal Structure Refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI:10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.;Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B.Aspherical Scattering Factors for SHELXL– Model, Implementation and Application. ActaCryst. 2019, A75, 50–62. DOI:10.1107/S2053273318013840. 声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。 如需PDF文档，请从以下链接下载： 通过网盘分享的文件：晶体数据审稿意见-奇怪的非整数数量水分子.pdf
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发表于 2025-6-17 07:01:57
