Olex2中铵根离子加氢技巧

DJ_Tokyo

Olex2中铵根离子加氢技巧

铵根离子(ammonium, NH4+)的几何结构与甲烷(methane, CH4)分子的几何结构完全相同，均为正四面体构型(regular tetrahedral configuration)，我们知道，对于甲基的加氢可以使用指令hadd 137来实现，照着这个思路，我们可以把铵根离子的氮原子看作一个游离的甲基碳来给它加氢，具体做法如下：

我们以Olex2附带数据water来演示这个过程，其原始结构如下图左所示，我们将这个游离的水给它指认为氮原子来作为演示，如下图右所示：

然后按顺序选择N原子，O原子，这样系统就会将该N原子当作末端原子处理，这时键入指令"had -137"并执行，得到N上加了三个氢原子的结果，如下图右Result！所示：

这个操作就相当于把N和O当作一个L-O---N结构，N原子作为末端原子添加137类型的氢原子，但是由于实际上N是孤立的单个原子，所以在137前面加一个负号来实现加氢。到目前为止已经加上了三个氢原子，接着是加第四个氢原子，方法如下：按顺序选择N原子，H1a原子，然后键入指令"had -137"并执行，结果如下图右Result！所示：

这时加氢完成，接着往下精修即可。

如果第二个原子选择的不是H1a，而是选择了H1b或者H1c，那么加上去的氢原子就会太多了，如下图所示：

希望这个小技巧对大家有所帮助。

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