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[孔/拓扑结构] 如何在晶体结构中找到螺旋轴

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发表于 3 天前 | 查看全部 |阅读模式
大家有没有人知道怎么快速的找到手性MOF中的螺旋轴吗,那天下午今天找了一下午,不会画:(,有没有有经验的家人给说一下,我是P3321空间群

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发表于 前天 07:41 | 查看全部
AI给的答案
以下是一些在 Olex 中快速找到手性 MOF 中螺旋轴的方法:
### 打开文件并初步处理
- 打开 Olex 软件,导入手性 MOF 的 cif、res 或 cry 等格式的文件。
- 根据 a、b、c 的轴长选择合适的数字,点击 Fragments 按钮下拉框,选择 generate 钮,在弹出的界面中勾上 “link change”,A from 最后边一个数可以选大点(如 3 或 4),也可以选上 “remove hydrogens”,然后点击 OK。
### 构建网络并简化拓扑图
- 点击 network——construct net,构建网络结构。
- 点击 structure——hide bond,隐藏不必要的键,对软件得到的初步分析进行进一步化简,使拓扑图更加清晰合理。
### 查找螺旋轴
- 点击 “show structure navigator”(像一本摊开的书的形状的那个按钮),查看框里头 atoms 之后的数字,如果数字相近且都很大的,就都选上,数字小的不要选,选上几个就说明有几重穿插。
- 从结构里先选一个键,再点击 fragments——properties,出现界面后,在 monochromatic 处选一种自己喜欢的颜色,除了原来的红色还有粉红色的了,再从没有选过的键中再选一个键,如上方法,给其选另一种颜色,通过颜**分不同的螺旋链。
### 添加螺旋轴示意图
- 沿不同的轴向选择合适的片段,添加中心原子,记录中心原子坐标,双击添加的中心原子,进行命名,不要与文件中原子重名。
- 保存文件为 res 格式,把 res 文件用记事本打开,添加原子名称、个数及坐标,保存后用 Olex 打开保存的 res 文件,修改分子间距,使添加的两个原子连接起来,通过改变原子和键的大小,得到合适的比例。
### 注意事项
- 在进行拓扑分析时,要注意把给出的拓扑图不必要的键删除,使简化合理。
- 添加原子坐标时,要确保坐标准确无误,否则会影响后续的分析和绘图。
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