晶体测试案例51(不透亮晶体) 最近,同单位某课题组同学委托笔者帮忙测试一个含CHNO的非手性有机小分子晶体,其晶体如图1所示,不太透亮,第一眼看到时,笔者还以为是转移到**溶剂中去了所以导致不透亮,还特意问了一下溶液是不是母液,对方表示是母液。 ▲图1 不太透亮的晶体 上机测试后发现衍射还行,于是正常进行测试。 其晶体尺寸经测量(参阅推文“布鲁克D8 VENTURE测量晶体尺寸操作步骤”或视频“APEX3 D8 Venture对心时晶体尺寸的测量:https://www.bilibili.com/video/BV1Cq4y1d7S5”“晶体尺寸的测量:https://www.bilibili.com/video/BV1hM4y1J71o”)为0.3178 × 0.3442 × 0.5564mm3,如图2‒4所示(由APEX3[1]呈现),尺寸无明显特征,可描述为块状(block)晶体,参阅视频“晶体尺寸和晶癖描述需保持一致:https://www.bilibili.com/video/BV1yb421B72r”。 ▲图2 晶体尺寸测量 ▲图3 晶体尺寸测量 ▲图4 晶体尺寸测量 ▲图5 仪器拍摄的晶体照片 测定晶胞可知其最大晶轴不超过10Å,于是探测器与晶体之间的距离采用程序给定的39.0 mm,非手性化合物,对称性选择-1,计算的数据收集策略共有6轮数据,其中前2轮为fastscan(第2轮fastscan有衰减),步长为2.00°,曝光时间为10.0秒,预计总时长为84分钟,如图6所示。 ▲图6 初始数据收集策略 为节省时间,删去2轮fastscan,将曝光时间改为7秒(主要是为了凑预约的1小时机时),总时长约55分钟,如图7所示。 ▲图7 调整后的收集策略 其衍射图如图8所示(由APEX4[2]呈现)。 ▲图8 衍射图 最终结果如图9所示(由Olex2[3]呈现),无AB级警报,化合物不是手性化合物,只不过晶体结晶在非中心对称空间群Cc,所以无需理会“Absolute structure cannot be determinedreliably”(绝对结构无法可靠确定)。 ▲图9 最终结果 晶体外观其貌不扬没关系,只要上机测试衍射信号正常即可。 参考文献 [1] Bruker (2018). APEX3 (Version 2018.7-2). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA. [2] Bruker (2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA. [3] Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726. 声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中可能存在疏漏错误,请不吝指正。 如需PDF文档,请从以下链接下载: 通过网盘分享的文件:晶体测试案例51(不透亮晶体).pdf
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