CheckCIF-无法消除的B级警报PLAT049

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相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); PLATON[2] (Version: 60124); SHELXL[3] (Version: SHELXL-2019/3); CCDC[4]; CIF[5]

案例1：CCDC 2337024, DOI:10.5517/ccdc.csd.cc2jfvwq.

如图1所示，该数据有B级警报PLAT049（参阅推文“CheckCIF-PLAT049”）。

▲图1 B级警报PLAT049

案例2：CCDC 2338166

如图2所示，该数据有B级警报PLAT049。

▲图2 B级警报PLAT049

计算的密度值为CIF中“_exptl_crystal_density_diffrn”项目值（参阅推文“CIF核心词典-exptl_crystal”），其定义如图3所示，为根据晶体晶胞和内容计算的密度值。

▲图3 计算密度定义

PLAT049的IUCr官方释义如图4所示。（https://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT049.html）

▲图4 PLAT049的IUCr释义

根据该释义“除少数例外，计算的密度将大于1.0。较小的值可能表明模型不完整或对称性不正确。”，因此可检查结构模型和对称性是否正确。

如果结构模型或对称性有问题，需要继续解析或更正对称性后重新解析。

如果结构模型和对称性均没有问题，但仍然出现该B级警报，则无需理会，或给出合理解释，如图5所示，或者其他合理解释，参阅推文“CheckCIF-PLAT049”中文献案例。

▲图5 对B级警报PLAT049的解释说明

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

[3](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[4](a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a millioncrystal structures and rising. ActaCryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. TheCambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures andrising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.

[5](a) Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic InformationFile (CIF): a New Standard Archive File for Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. (b)Hall, S. R. The STAR File: A New Format for Electronic Data Transfer andArchiving. J. Chem. Inf. Comput. Sci.1991, 31, 326–333. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508.

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