无序示例-穿过对称元素的乙酸乙酯和正己烷混合无序

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); SHELXL[2] (Version: SHELXL-2019/3); PLATON[3] (Version: 241123); Mercury[4] (Version: Mercury 2023.2.0 (build 382240))

最近，某高校友友求助晶体数据处理，主要是溶剂建模，核磁里面显示乙酸乙酯和正己烷均有，残余峰可以grow，如图1所示。

▲图1 残余峰

Grow后的残余峰，可以看出乙酸乙酯的形状，如图2所示。

▲图2 残余峰处乙酸乙酯形状

可以从Olex2的FragmentDB中找到乙酸乙酯，设置PART为-1，Occupancy为0.5，随后将其拟合在残余峰处，如图3所示。

▲图3 建模的乙酸乙酯

建模完乙酸乙酯后，其附近仍有很大残余峰，可以看出是正己烷的形状，如图4所示。

▲图4 正己烷形状的残余峰

再建模一个正己烷，根据与电子云图的拟合将其占有率设为0.25较为合适，最终结果如图5所示，各项指标参数均不错，且无AB级警报。

▲图5 建模好的乙酸乙酯和正己烷混合无序

用Mercury查看对称元素，可以看出，上述建模的乙酸乙酯和正己烷处于反演中心，如图6所示。

▲图6 Mercury查看对称元素

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[3] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

[4]Macrae, C. F., Edgington, P. R., McCabe, P., Pidcock, E., Shields, G. P.,Taylor, R., Towler, M. & van de Streek, J. (2006). J. Appl. Cryst. 39,453-457.

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