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[单晶结构] 晶体结构解析案例61(孪晶)

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发表于 2025-5-22 07:00:26 | 查看全部 |阅读模式
相关软件或概念:APEX4[1] (Version 2021.4-1); Olex2[2] (Version: Olex2-1.5); PLATON[3] (Version: 241123); SHELXL[4] (Version: SHELXL-2019/3); SHELXT[5]
案例1CCDC 2340331, DOI:10.5517/ccdc.csd.cc2jk9kz.
该数据R因子居高不下(R1 = 25.78%, wR2 = 67.73%),氯原子附近有异常残余峰,如1-1所示。
1-1 案例1数据情况
PLATON/TwinRotMat检测到2个孪晶法则,如1-2所示。
1-2 案例1孪晶法则检测结果
将第一个孪晶法则(绿色)加入精修,结果如1-3所示,R因子得到极大改善,氯原子附近也没有异常的残余峰。
1-3 案例1加入孪晶法则精修结果
视频演示操作请参阅:
单晶结构解析练习116(数据还原)https://www.bilibili.com/video/BV1dt421V7T1
需要数据练习,请在以下链接下载。
1
链接:https://pan.quark.cn/s/0bb23cd9ef31
提取码:V4kH
2
链接:https://pan.baidu.com/s/1R-YCQPm2B-YPMG-8k3P2Jw
提取码:05k5
案例2CCDC 2340331, DOI:10.5517/ccdc.csd.cc2jk9kz.
该数据R因子居高不下(R1 = 11.00%, wR2 = 36.89%),如2-1所示。
2-1 案例2数据情况
PLATON/TwinRotMat检测到2个孪晶法则,如2-2所示。
2-2 案例2孪晶法则检测结果
将第一个孪晶法则(绿色)加入精修,结果如2-3所示,R因子得到大幅改善。
2-3 案例2加入孪晶法则精修结果
视频演示操作请参阅:
单晶结构解析练习120(数据还原)https://www.bilibili.com/video/BV1Mr421n7xs
需要数据练习,请在以下链接下载。
1
链接:https://pan.quark.cn/s/9d9015dcf9c1
提取码:QTPP
2
链接:https://pan.baidu.com/s/1RLaPs7CmVVYxUKlNYyS5Gg
提取码:wcdg
参考文献
[1]Bruker (2021). APEX4 (Version2021.4-1). Program for Data Collection onArea Detectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.
[2]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.
[3] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.
[4](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.
[5]Sheldrick, G. M. SHELXT – Integratedspace-group and crystal structure determination. Acta Cryst. 2015, A71, 3–8.

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