Olex2中grow或pack状态下不能使用HTAB指令寻找氢键

DJ_Tokyo

Olex2中grow或pack状态下不能使用HTAB指令寻找氢键

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1]    Structure refinement: SHELXL[2]

前段时间，B站有友友在使用Olex2寻找氢键输入HTAB指令（参阅推文“SHELXL指令之HTAB”）时遇到如图1所示问题。

▲图1 问题描述

本文以Olex2内置结构数据Sucrose为例，如图2所示，左下角的Sucrose分子为非对称单元ASU（asymmetry unit）中的分子，右上角的Sucrose分子为对称操作（grow或pack）出来的对称等效分子，Sucrose分子本身存在分子内氢键，而相邻的Sucrose分子之间存在分子间氢键。

▲图2 Sucrose结构中部分氢键

如果在存在对称等效分子的状态下输入HTAB指令并回车来寻找结构中的氢键，则Olex2会给出如图3所示提示“operationis not applicable to the grown structure”（操作不适用于生长的结构）。

▲图3 Olex2提示

这时候正确的做法是回到ASU状态再输入HTAB指令并回车来寻找结构中的氢键，如图4所示，程序会寻找结构中所有符合所输入指令限定条件的氢键并列于背景中，如果氢键中有来自对称等效分子的原子，则在原子后会有对称操作码的引用，例如“_$1”。

▲图4 寻找到的氢键

可以在ins文件中查看由EQIV指令（参阅推文“SHELXL指令之EQIV”）定义的对应对称操作码，如图5所示。

▲图5 对称操作码

其实本文开头B站友友的问题很简单，要使用HTAB指令寻找氢键写入CIF[3]文件，需要在ASU状态下进行，而要在结构图中查看氢键，则可以grow或者pack。

视频讲解请参阅：

Olex2基操-HTAB指令寻找氢键时提示不适用于生长结构：https://www.bilibili.com/video/BV16y411i76u

参考文献

[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.    [2] (a)  Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,  University of Göttingen, Germany, 2019. (b)  Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.  Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure  Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle,  C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors  for SHELXL – model, implementation and  application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:  10.1107/S2053273318013840.    [3] (a) Hall, S.  R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File (CIF): a  New Standard Archive File for Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. DOI:  10.1107/S010876739101067X.  (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Format for Electronic Data Transfer and  Archiving. J. Chem. Inf. Comput. Sci.  1991, 31, 326–333. DOI: 10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The  STAR File: Detailed Specifications. J.  Chem. Inf. Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:  10.1021/ci00019a005.

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