晶体数据审稿意见-绘制椭球图暨无序绘图

DJ_Tokyo

晶体数据审稿意见-绘制椭球图暨无序绘图

案例来源：CCDC[1] 2373596. Chem. Commun. 2024, DOI[2]: 10.1039/d4cc04382k.

审稿意见：

In the MS (or at least the SI), please provide at least onestructural drawing showing ADPs of each structure. From these images, any disordershould be visible -- and the nature of the actual molecule must be easilydiscernible.

大意：

在手稿（或至少在支持信息）中，请提供至少一张显示每个结构原子位移参数的结构图。从这些图像中，无序应该是可见的，实际分子的性质必须很容易辨别。

该论文正文中的晶体结构图用的是球棍模型图（Balls and sticks），如图1，或者是棍状模型图（Sticks），如图2，并没有能够显示原子位移椭球参数ADP（Atomic Displacement Parameter）的椭球模型图（Ellipses and stick）。

                              

▲图1 论文正文插图-球棍模型

▲图2 论文正文插图-棍状模型

于是用Olex2[3]绘制了一个椭球模型图放在支持信息中，如图3所示，因为是椭球图，所以需要在标题中注明椭球率/椭球概率水平（ellipsoid probability level）。（参阅推文“晶体数据审稿意见-注明结构图椭球率”）

▲图3 椭球模型图

视频演示操作请参阅：

晶体数据审稿意见-绘制椭球图暨无序绘图：https://www.bilibili.com/video/BV1zFyaYuEYP

相关推文：

不应出现的晶体数据审稿意见-绘制椭球图

Olex2中椭球率的设置

晶体数据审稿意见-注明结构图椭球率

相关视频：

关于作图(椭球图)的审稿意见处理方案：https://www.bilibili.com/video/BV1Ba411K7xY

Olex2基操-椭球率的设置：https://www.bilibili.com/video/BV1814y147cW

椭球率的含义：https://www.bilibili.com/video/BV15D4y187y6

Olex2基操-结构模型的切换：https://www.bilibili.com/video/BV1Cg4y1K7N1

晶体数据审稿意见-注明结构图椭球率：https://www.bilibili.com/video/BV1vs2uY6EVZ

参考文献

[1]    (a) Allen, F. H. The Cambridge StructuralDatabase: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI: 10.1107/S0108768102003890. (b) Allen, F. H. TheCambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures andrising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954.

[2]    (a) InternationalOrganization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – Digital Object Identifier System.http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System. https://www.iso.org/standard/81599.html

[3]    Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R.J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2:A Complete Structure Solution, Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst.2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。

如需PDF文档，请从以下链接下载：

通过网盘分享的文件：晶体数据审稿意见-绘制椭球图暨无序绘图.pdf

链接: https://pan.baidu.com/s/1kCrmaA_irEBG8SDj75eaDw 提取码: akuh

--来自百度网盘超级会员v1的分享