晶体结构解析案例60(孪晶拆分)

DJ_Tokyo

相关软件或概念：APEX4[1] (Version 2021.4-1); Olex2[2] (Version: Olex2-1.5); PLATON[3] (Version: 60124); SHELXL[4] (Version: SHELXL-2019/3); SHELXT[5]; CCDC[6]

案例来源：CCDC2340014, DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc2jjzbd.

该结构正常还原得到的数据，R因子很高，修不下去，用PLATON/TwinRotMat检查发现一大堆孪晶法则，如图1所示。

▲图1 PLATON/TwinRotMat检测结果

尝试用PLATON生成的HKLF5格式文件精修，得到的最好结果如图2所示，R因子仍然偏高，并有两个B级警报PLAT084（参阅推文“”）和PLAT340（参阅推文“CheckCIF-PLAT340”）。

▲图2 PLATON-HKLF5格式文件精修结果

按默认10的信噪比阈值收集衍射点，得到的晶胞如图3所示。

▲图3 信噪比阈值10得到的晶胞

其孪晶拆分情况如图4所示。

▲图4 信噪比阈值10的倒易空间点阵衍射点拆分情况

结果两组衍射点计算得到的晶胞不同，如图5所示。

▲图5 两组衍射点得到的晶胞（左：第一组；右第二组）

其BravaisLattice也不同，如图6所示。

▲图6 两组衍射点的Bravais Lattice情况（左：第一组；右第二组）

很显然，上述拆分是错误的，重新拆分，将信噪比阈值设为20，然后得到了和前面拆分得到的第二组衍射点的晶胞相同，如图7所示。

▲图7 信噪比阈值20得到的晶胞

其孪晶拆分情况如图8所示。

▲图8 信噪比阈值20的倒易空间点阵衍射点拆分情况

这次拆出来的两组衍射点得到的晶胞是相同的，如图9所示。

▲图9 两组衍射点得到的晶胞（左：第一组；右第二组）

其BravaisLattice选择情况也是相同的，如图10所示。

▲图10 两组衍射点的Bravais Lattice情况（左：第一组；右第二组）

按此拆分结果进行数据还原，最终得到的数据如图11所示，显然好多了。

▲图11 孪晶拆分结果

视频操作演示请参阅：

单晶结构解析练习111(孪晶拆分)：https://www.bilibili.com/video/BV1aZ421b7Ym

参考文献

[1]Bruker (2021). APEX4 (Version2021.4-1). Program for Data Collection onArea Detectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[2]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[3] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

[4](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[5]Sheldrick, G. M. SHELXT – Integratedspace-group and crystal structure determination. Acta Cryst. 2015, A71, 3–8.

[6](a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a millioncrystal structures and rising. ActaCryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. TheCambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures andrising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.

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