Olex2中Fragment DB的配置及其使用示例

DJ_Tokyo

Olex2中Fragment DB的配置及其使用示例

Fragment DB (fragment database)是一个片段数据库，可用于处理一些客体分子[1]，尤其是无序结构。

一、配置

Olex2中Fragment DB的配置的配置可以按住下图所示步骤进行：

1. 在Olex2的GUI中Home选项下，点击ExtensionModules，展开后在e-mail中填写邮箱，Modules中选择一个要配置的模块(module)

2. 选好要配置的模块后，其后的Please choose a module按钮将会变成Install按钮，如下图2所示

3. 点击Install后，在步骤1中填写的邮箱中将会收到一封邮件，如下图3所示，点击Activate now!

4. 在弹出的对话框中点击继续前往

5. 浏览器页面跳转，出现如下图5所示内容，表示激活成功

6. 这时回到Olex2的GUI界面，再次点击如下图2所示的Install，等待程序下载安装包安装模块，安装完成后

7. 模块安装完毕后，在Tools中就会有Fragment DB选项

细节可查看：https://www.xs3.uni-freiburg.de/research/fragmentdb

二、使用示例

一个二氯甲烷的处理，下图是处理好的二氯甲烷的例子：

将该二氯甲烷分子删除后，精修，发现有两个很大的Q峰(Q1和Q2)，按下快捷键Ctrl+G进入mode Grow模式，发现Q2那里出来一根虚线，用鼠标左键点击该虚线，生长出等效Q峰，如果在Q1和Q2之间画一条线(如下图右下)，则这三个Q峰就很像一个二氯甲烷分子：

此时在Tools选项卡下点击Fragment DB，在展开后的界面中第一项下拉菜单中找到Dichloromethane, CH2Cl2, DCM并用鼠标左键点击，然后将PART设置为-1，Occupancy设置为0.5 (后面会自动变为10.5)：

然后点击上图右PART上方的Fit!按钮，界面中会出现一个二氯甲烷模型，依次点击模型中的原子和某一Q峰，使模型尽可能多地与Q峰重合，例如当前重合最多的就是一个碳原子和一个氯原子，如下图中红色方框所示，然后点击键盘Esc键退出mode FIT模式，得到二氯甲烷分子，如下图右所示：

然后精修(refine)，发现对称操作的结构也出现了，可以用fuse指令回到不对称单元，用anis指令对原子进行各向异性精修，用hadd指令对其加氢，然后精修即可：

此时选中该二氯甲烷分子，打开其原子列表，可以看到程序自动对该二氯甲烷分子所加的限制指令，DFIX、SIMU以及RIGU等：

参考文献：

[1] (a) Kratzert, D.; Holstein, J. J.; Krossing, I.J. Appl. Cryst. 2015, 48, 933-938. (b) Kratzert,D.; Krossing, I. J. Appl. Cryst. 2018, 51, 928-934.

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