无序示例-穿过对称元素的特殊无序(乙酰胺基)

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); SHELXL[2] (Version: SHELXL-2019/3); Mercury[3] (Version: Mercury 2023.2.0 (build 382240));CCDC[4]; CIF[5]

案例来源：CCDC2338811, DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc2jhqj9.

该结构为N-对硝基苯乙酰胺（分子单元），不对称单元中有2个“半个分子单元”，如图1所示，其中O5和O13原子椭球异常大。

▲图1 不对称单元结构

发现O5和C13处可以无限生长（对称操作），如图2所示。

▲图2 O5和C13处对称操作情况

很显然O5和C13处于特殊位置，用Mercury查看对称元素（参阅视频“Mercury基操-查看对称元素：https://www.bilibili.com/video/BV1U44y1U7ZF”），可以看出N-对硝基苯乙酰胺处于2次轴上，两个滑移面穿过N-对硝基苯乙酰胺，O5及其邻近等效O5之间为反演中心，如图3所示。

▲图3 分子所处对称元素

为了切断O5及其对称等效原子之间的连接，可以用负的PART序号来对其做特殊无序处理，同时将其占有率设为0.5，然而酰胺基的C–N键和C–C键键长偏离正常键长，如图4所示。

▲图4 羰基特殊无序处理结果

此时可以将N原子和末端甲基碳从特殊位置移开（用Olex2中的Fit功能），并对其用负的PART序号分组，并用SIMU指令对其原子各向异性位移参数进行限制，此时整个乙酰胺基的原子椭球正常，并且C–N键和C–C键键长也处于正常范围，如图5所示。

▲图5 乙酰胺基特殊无序处理结果

视频操作演示请参阅：

单晶结构解析练习77：https://www.bilibili.com/video/BV1Xt421L7Cb

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[3]Macrae, C. F., Edgington, P. R., McCabe, P., Pidcock, E., Shields, G. P.,Taylor, R., Towler, M. & van de Streek, J. (2006). J. Appl. Cryst. 39, 453-457.

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