晶体结构解析案例59(孪晶拆分)

DJ_Tokyo

相关软件或概念：APEX4[1] (Version 2021.4-1); Olex2[2] (Version: Olex2-1.5); PLATON[3] (Version: 60124); SHELXL[4] (Version: SHELXL-2019/3); SHELXT[5]; CCDC[6]

案例来源：CCDC2339941, DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc2jjwzy.

该结构正常还原得到的数据在精修中添加了PLATON/TwinRotMat给出的孪晶法则，R因子降不下来，如图1所示。

▲图1 孪晶法则精修结果

用PLATON生成的HKLF5格式文件精修，R因子降到了不至于触发AB级警报的水平，但仍有一个碳碳键精度低的B级警报PLAT340（参阅推文“CheckCIF-PLAT340”），如图2所示。

▲图2 PLATON-HKLF5格式文件精修结果

该晶体确实衍射弱，45秒的曝光时间测试的，其衍射图样如图3所示。

▲图3 案例晶体衍射图样

倒易空间点阵明显看出是孪晶，如图4所示。

▲图4 倒易空间点阵

对其做孪晶拆分，最终得到数据如图5所示，相较而言数据情况要好得多。

▲图5 孪晶拆分结果

视频操作演示请参阅：

单晶结构解析练习110(孪晶拆分)：https://www.bilibili.com/video/BV1iy421v7r4

如需数据进行练习，请从以下链接下载：

（1）

1号数据

链接：https://pan.quark.cn/s/52f1946d0b50

提取码：1WGt

2号数据

链接：https://pan.quark.cn/s/c6a2b2d84d53

提取码：8Bqy

3号数据

链接：https://pan.quark.cn/s/b0db067a71c0

提取码：EFhe

（2）

1号数据

链接：https://pan.baidu.com/s/1ktdr59S3oEvOJBFIOoJmmg

提取码：q8j8

2号数据

链接：https://pan.baidu.com/s/1lzlvcJ1FwZ7dpz6bMlIeJg

提取码：of4v

3号数据

链接：https://pan.baidu.com/s/1gQXkoJ7epbQQ-n3uSW4u3w

提取码：1etb

参考文献

[1]Bruker (2021). APEX4 (Version2021.4-1). Program for Data Collection onArea Detectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[2]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[3] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

[4](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[5]Sheldrick, G. M. SHELXT – Integratedspace-group and crystal structure determination. Acta Cryst. 2015, A71, 3–8.

[6](a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a millioncrystal structures and rising. ActaCryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. TheCambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures andrising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.

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