Olex2中DrawPlus的配置及其使用示例

DJ_Tokyo

Olex2中DrawPlus的配置及其使用示例

一、配置

在上一篇推文《Olex2中Fragment DB的配置及其使用示例》中介绍了Fragment DB的配置，DrawPlus的配置与Fragment DB相似：

1. 在Olex2的GUI中Home选项下，点击ExtensionModules，展开后在e-mail中填写邮箱，Modules中选择一个要配置的模块(module)，本例为DrawPlus；选好要配置的模块后，其后的Please choose a module按钮将会变成Install按钮，如下图1所示；

2. 点击Install后，在步骤1中填写的邮箱中将会收到一封邮件，如下图2所示，点击Activate now!

3. 在弹出的对话框中点击继续前往

4. 浏览器页面跳转，出现如下图4所示内容，表示激活成功

5. 这时回到Olex2的GUI界面，再次点击如下图1所示的Install，等待程序下载安装包安装模块，并完成安装，安装完成后Modules选项会变成“DrawPlus – Restart Olex2”，并且下方会有一行绿色的小字“Module DrawPlus has been successfullyinstalled or updated.”

6. 模块安装完毕后，在Work选项卡下Draw展开栏中就会有DrawPlus选项

                              

DrawPlus展开后如下图所示：

二、使用示例

Visual Styles：该选项中有Style和Scene两项，这两项展开如下图左所示，读者可根据作图需要进行自由组合，例如下图右为均选择最后一项“uranus”效果图

Group：该功能可以将所选部分定义为一个“集团”，这个功能可以在作图时突出某个想表达的部分，例如将Olex2中自带结构sucrose中的五元环和六元环分别标记为绿色和橙色，选中五元环(包括原子和键)，然后点击Group后所对应颜色的方块即可，效果如下图所示：

另外一种设置group的方法是选中要设置为group的结构后，将鼠标放在被选结构上单击鼠标右键，在弹出的菜单中Selection展开项中点击Group，即可将被选结构标记为group，如下图所示：

Group颜色设置：将鼠标放在某一group上单击鼠标右键，在弹出的菜单栏中Graphics展开栏中点击Draw style，在弹出的Material Parameters对话框中双击红色箭头所指颜色方框，在弹出的颜色对话框中修改颜色，然后确定，OK即可，例如将其改为紫色，结果如下图所示：

Atoms：改变原子半径，在不选择原子的情况下，改变Atom r后面的数值默认更改所有原子的原子半径，如下图所示：

改变模型风格，在Style中提供了五种风格，默认风格(default.glds)如上图所示，另外四种展示如下：

Bonds：键的半径改变，与原子半径不同，键是按类型设置的，比如选择其中的碳氧键(下图绿色高亮)，然后改变Bond r后面的数值，相应类型的键的半径会随之改变：

键的颜色，可在如下图所示下拉菜单中更改，默认为elements，即一半为其中一个成键原子颜色，另一半为另一个成键原子颜色。

H Atoms：在H atoms后的H-Bond H only按钮可以只显示形成氢键的氢原子，而Show All H则显示所有氢原子：

再往下一行可以设置氢键的表现形式，上图为默认格式，下图左右为默认格式的加粗版，下图下为虚线形式：

氢键半径设置，选中某个氢键，单击鼠标右键，在弹出的菜单栏中选择Radius: 3 (此处3为当前氢键半径)，在弹出的对话框中更改半径，例如将其改为1，然后点击OK，该结构中所有氢键半径均会更新，结果如下图右下所示：

在设置过程中如想回到默认设置，则只需在指令输入区输入指令“default”后回车即可：

如需PDF文档，请从以下链接下载：

通过网盘分享的文件：Olex2中DrawPlus的配置及其使用示例.pdf

链接: https://pan.baidu.com/s/1zdAHe6PPHMLtdSsNyt3CsQ 提取码: 4t7u

--来自百度网盘超级会员v1的分享