CheckCIF-多个同编号警报的作者回应

DJ_Tokyo

CheckCIF-多个同编号警报的作者回应

最近，B站有小伙伴留言如图1所示问题。

▲图1 问题描述

以下举一个例子来说明这个问题。

案例来源：CCDC[1] 2152637. Sci. China Chem. 2023, 66, 117‒126. DOI[2]: 10.1007/s11426-022-1396-x.

该化合物结构如图2所示（晶体结构由Olex2[3]呈现，二维平面图由ChemDraw[4]绘制）

▲图2 案例化合物结构

该数据结构中两个金属（Dy1和Dy2）附近存在较大的残余峰，因此触发了如图3所示两个A级警报PLAT973（参阅推文“CheckCIF-PLAT973”），一个PLAT973是关于Dy1的，另一个是关于Dy2的。

▲图3 两个A级警报PLAT973

当使用PLATON[5]进行结构验证（Structure Validation）时，会产生一个验证回复表vrf（Validation Reply Form）文件，其内容如图4所示，列出了每一条需要回复的AB级警报（Problem和Response）。

▲图4 vrf文件

如果将上述内容原封不动复制粘贴到CIF[6]文件中，并逐条填写解释说明，如图5所示。

▲图5 逐条解释说明

按照上述格式填写解释说明，不仅显得啰嗦冗余，而且其CIF上传至CheckCIF服务系统进行结构验证，还会遇到如图6所示语法问题。

▲图6 语法问题

Syntax problems

Your CIF has syntax errors as listed below.No further checks will be performed. Please fix and recheck your CIF.

ERROR: Duplicate dataname _vrf_PLAT973_2b indata_2b at line 12

>>> "_vrf_PLAT973_2b"

*** A dataname must occur once only in anydata block.

大意：

语法问题

您的CIF存在如下所列语法错误。将不再进行进一步检查。请修改并重新检查您的CIF。

错误：data_2b中第12行存在重复的数据名称_vrf_PLAT973_2b

>>> "_vrf_PLAT973_2b"

***一个数据名称在任何数据块中只能出现一次。

除了PLATON之外，CheckCIF服务系统也是可以获取验证回复表的，这可以在“Output Validation Reply Form”中进行设置（默认选择的是None），可根据需要选择相应的选项，通常对AB级警报进行回复即可，如图7所示。

▲图7 Output Validation ReplyForm

此时在得到的验证报告中，给出了验证回复表（红色文本），如图8所示，虽然案例数据有2个A级警报PLAT973，但CheckCIF给的只有第一个。

▲图8 CheckCIF服务系统给出的验证回复表

将上述红色文本复制粘贴到CIF中，并将两个PLAT973的问题的解释说明合并一起填写，如图9所示。

▲图9 验证响应表填写

如果想在验证响应表中展示所有的问题，则可以按照如图9所示，将每条PLAT973的内容列在PROBLEM下，如图10所示。

▲图10 验证响应表填写

此时得到的验证报告中每条PLAT973下都会有Author Response，如图11所示。

▲图11 验证报告

视频讲解请参阅：

CheckCIF-多个同编号警报的作者回应：https://www.bilibili.com/video/BV1HXybYKEWY

参考文献

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[3]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[4](a) Klein, F. M. CS ChemDraw Pro,1 Version 3.1 for Windows. J. Chem.Inf. Comput. Sci. 1995, 35, 166–167. DOI: 10.1021/ci00023a026. (b) Cousins, K. R. ChemDraw 6.0 UltraCambridgeSoft Corporation, 100 Cambridge Park Drive, Cambridge, MA 02140.http://www.camsoft.com. Commercial Price:  $1395. Academic Price:  $699. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10257–10258. DOI: 10.1021/ja0047572.(c) Buntrock, R. E. ChemOffice Ultra 7.0. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 1505–1506. DOI: 10.1021/ci025575p. (d) Li, Z.; Wan, H.; Shi, Y.;Ouyang, P. Personal Experience with Four Kinds of Chemical Structure DrawingSoftware: Review on ChemDraw, ChemWindow, ISIS/Draw, and ChemSketch. J. Chem.Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 1886–1890. DOI: 10.1021/ci049794h.(e) Mendelsohn, L. D. ChemDraw8 Ultra, Windows and Macintosh Versions. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 2225–2226. DOI: 10.1021/ci040123t. (f) Cousins, K. R. ChemDrawUltra 9.0. CambridgeSoft, 100 CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. See Web site for pricing options. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4115–4116. DOI:10.1021/ja0410237. (g) Zielesny, A. Chemistry Software PackageChemOffice Ultra 2005. J. Chem. Inf.Model. 2005, 45, 1474–1477. DOI:10.1021/ci050273j. (h) Mills, N. ChemDraw Ultra 10.0 CambridgeSoft, 100CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. CommercialPrice:  $1910 for download, $2150 for CD-ROM; Academic Price:  $710 fordownload, $800 for CD-ROM. J. Am. Chem.Soc. 2006, 128, 13649–13650. DOI: 10.1021/ja0697875. (i) Kerwin, S. M.ChemBioOffice Ultra 2010 Suite. J. Am. Chem.Soc. 2010, 132, 2466–2467. DOI: 10.1021/ja1005306. (j) Milne, G. W. A. SoftwareReview of ChemBioDraw 12.0. J. Chem. Inf.Model. 2010, 50, 2053. DOI:10.1021/ci100385n. (k) Narayanaswamy, V. K.; Rissdörfer, M.; Odhav, B. Reviewon CambridgeSoft ChemBioDraw Ultra 13.0v. Int.J. Theor. Appl. Sci. 2013, 5, 43–49.

[5]    (a) Spek, A. L. Single-Crystal Structure Validation with theProgram PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112. (b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

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