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CCDC更新(2025.1 CSD) 最近，收到了CCDC[1]官方发来的一封邮件，内容整理翻译对比如下（笔者姓名用Tokyo代替）： | Dear Tokyo, | 亲爱的Tokyo： | | We are pleased to confirm that the 2025.1 CSD data and software release is available now. CSD 6.00 has a new data format, disorder, and more, plus additional structures. Software updates include covalent docking, ligand overlay, and solid form improvements. | 我们很高兴确认2025.1 CSD数据和软件版本现已发布。CSD 6.00具有新的数据格式、无序等，以及额外的结构。软件更新包括共价对接、配体叠加和固体形式改进。 |
| New Data Release - CSD 6.00 | 新数据发布——CSD 6.00 | | CSD 6.00 marks a significant advancement in our database, with a new format enabling a range of new features and improvements alongside the latest data. In this release, we have replaced suppressed atoms with fully calculated disorder models in over 165,000 entries, enabling users to visualize and toggle through the various disorder models. This provides more accurate structural data and, together with previous software features, enables customers to better analyse and understand disordered structures. | CSD 6.00标志着我们的数据库取得了重大进步，新格式在最新数据的基础上实现了一系列新功能和改进。在这个版本中，我们在超过165000个条目中用完整计算的无序模型替换了被抑制的原子，使用户能够可视化和切换各种无序模型。这提供了更准确的结构数据，并与之前的软件功能一起，使客户能够更好地分析和理解无序的结构。 | | CSD 6.00 contains 1,371,757 entries (1,336,680 structures), with 45% organic and 55% metal-organic structures. | CSD 6.00包含1371757个条目（1336680个结构），其中45%为有机结构，55%为金属有机结构。 | | Beyond adding new structures, existing entries have been enhanced with new, searchable fields that bring added scientific value and analytical potential. Together, these updates provide a richer, more comprehensive database enabling deeper chemical insights and more robust applications of the data. | 除了添加新结构外，现有条目还通过新的可搜索字段进行了增强，这些字段带来了额外的科学价值和分析潜力。这些更新共同提供了一个更丰富、更全面的数据库，使我们能够更深入地了解化学，并更稳健地应用数据。 |
| New Software Features | 新软件功能 | | This release includes: | 此版本包含： | | l Covalent docking in the protein–ligand docking software GOLD is now faster and easier than before l Ligands can now be overlayed in a repeatable manner with the CSD Python API. l New powder X-Ray diffraction functionality. l CLP force field added to VisualHabit in CSD-Particle. | l 蛋白质-配体对接软件GOLD中的共价对接现在比以前更快、更容易 l 现在可以使用CSD Python API以可重复的方式叠加配体。 l 新的粉末X射线衍射功能。 l CLP力场添加到CSD-Particle中的VisualHabit中。 |
| How to Get the Update | 如何获取更新 | | If you are on 2023.1 or later: | 如果您是2023.1或更高版本： | | l Open the CCDC Maintenance Tool from the menu, from the installation folder, or by clicking Help > Check for Updates… in any CCDC desktop tool: | l 从菜单、安装文件夹或任何CCDC桌面工具中单击“帮助”>“检查更新…”打开CCDC维护工具： |
| l Select Update components and follow the instructions in the Maintenance Tool: | l 选择更新组件并按照维护工具中的说明进行操作： |
| If you are using software version 2022.3 or earlier, or if this is your first time installing CSD software, Request Download Links from Downloads. | 如果您使用的是2022.3或更早版本的软件，或者这是您第一次安装CSD软件，请从Downloads中请求下载链接。 |
| Retirements | 报废 | | We have taken the decision to move our Pipeline Pilot Collection and relevant documentation to the CCDC Open Source Repo. It will no longer be actively tested and updated with each CSD release. Please see the FAQ for more details on how you can still access this resource. | 我们已决定将我们的管道试点收集和相关文件转移到CCDC开源回购。它将不再与每个CSD版本一起进行主动测试和更新。有关如何访问此资源的更多详细信息，请参阅常见问题解答。 | | Goldmine functionality will be retired from the Hermes interface in the next release, 2025.2. Closer to the retirement, we will make a FAQ available with further details and alternative functionality to support any existing workflows. | 金矿功能将在下一个版本2025.2中从Hermes界面退役。在接近报废时，我们将提供一个常见问题解答，其中包含更多详细信息和替代功能，以支持任何现有的工作流程。 |
| If you have problems installing the update, see this FAQ for more details and other options. | 如果您在安装更新时遇到问题，请参阅此常见问题解答以了解更多详细信息和其他选项。 |
| Please contact our support team if you have any questions about updating to 2025.1. | 如果您对更新到2025.1有任何疑问，请联系我们的支持团队。 |
| Best wishes, Kevin Back, Product Manager, The CCDC | 最美好的祝福， Kevin Back，CCDC产品经理 |
以下是笔者更新过程记录： 在Mercury[2]中Help下拉菜单中点击“Check for Updates…”，如图1所示。 ▲图1 Help>>Check for Updates… 点击“Check forUpdates…”，几秒后，弹出如图2所示对话框，提示“An update is available. To download and installit, click on Install on exit.”（有更新可用。要下载并安装它，请单击退出时安装。）。 ▲图2 更新对话框 点击“Installon exit”后，上述“Updateavailable”对话框消失，然后关闭Mercury，随即弹出如图3所示“维护 CSD Portfolio”对话框，并默认勾选“更新组件”。 ▲图3 “维护 CSD Portfolio”对话框 点击“下一步”，随即界面跳转至如图4所示选择组件界面（前面还有一个检查界面未截取到）。 ▲图4 选择组件 默认勾选所有组件，可根据自己需要进行选择，在列表中有四个组件是2025.1.0/2025.1.2版本，即“CSD Mogul Data Update”“CSD Main Data Update”“CSD Crossminer Data”和“CSD Data Portfolio”，如图5所示。 ▲图5 四个2025.1.0/2025.1.2版本组件 选择完成后点击“下一步”，界面跳转如图6所示，已准备好安装。 ▲图6 准备更新包 点击“更新”，进入更新页面，如图7所示。 ▲图7 更新进度 随后耐心等待即可。 期间经常弹出如图8–9等所示对话框，点击“重试”后进度继续。 ▲图8 下载错误提示 ▲图9 下载错误提示 从20:13开始更新，到22:00时，显示还需要近3小时，如图10所示，于是电脑不关机，放过夜让其更新。 ▲图10 约2小时后剩余更新进度 完成后，界面如图11所示，点击“完成”即可，如果点击“重新启动”，则会回到图3界面。 ▲图11 完成更新界面 如图12所示为更新的组件桌面快捷键。 ▲图12 更新的组件桌面快捷键 CCDC ConQuest中View Databases更新前如图13所示，为“Inhouse1 version 1.1 (March 2025)”。 ▲图13 更新前的Databases 更新后如图14所示，为“CSD version 6.00 (Apr 2025)”。 ▲图14 更新后的Databases 参考文献 [1] (a)Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million CrystalStructures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI: 10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2. [2] Macrae,C. F., Edgington, P. R., McCabe, P., Pidcock, E., Shields, G. P., Taylor, R.,Towler, M. & van de Streek, J. Mercury:Visualization and Analysis of Crystal Structures J. Appl. Cryst. 2006, 39, 453–457. DOI:10.1107/S002188980600731X. 声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。 如需PDF文档，请从以下链接下载： 通过网盘分享的文件：CCDC更新(2025.1 CSD).pdf --来自百度网盘超级会员v1的分享
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发表于 2025-5-20 06:55:17
