无序示例-穿过对称元素的特殊无序(二氯甲烷)

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); SHELXL[2] (Version: SHELXL-2019/3); Mercury[3] (Version: Mercury 2023.2.0 (build 382240))

最近处理一个数据，发现游离的溶剂二氯甲烷分子处电子云图表明其为比氯更小的原子或者二氯甲烷为非全占位，如图1所示。

▲图1 二氯甲烷处的电子云图

如果进行grow操作，则会发现该二氯甲烷呈一维链状，如图2所示。

▲图2 grow后的二氯甲烷

很显然，该二氯甲烷处于特殊位置，用Mercury可以查看其对称元素（参阅视频“Mercury基操-查看对称元素：https://www.bilibili.com/video/BV1U44y1U7ZF”），如图3所示。

▲图3 处于特殊位置的二氯甲烷

明确了上述信息后，接下来事情就简单了，只需要将整个二氯甲烷做特殊无序处理即可，用“part -110.5”对其进行处理（选中整个二氯甲烷分子，然后输入“part -110.5”），如图4所示。

▲图4 特殊无序处理

回车后，精修至收敛，结果如图5所示，二氯甲烷分子椭球正常，同时各项指标参数均得到较大改善，但仍有较大残余峰。

▲图5 无序处理结果

于是对其做二组分无序，只不过由于该二氯甲烷分子处于特殊位置，因此PART指令需要采用负号，最终结果如图6所示。

▲图6 最终结果

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[3]Macrae, C. F., Edgington, P. R., McCabe, P., Pidcock, E., Shields, G. P.,Taylor, R., Towler, M. & van de Streek, J. (2006). J. Appl. Cryst. 39,453-457.

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