CheckCIF-参数误填导致无法checkcif

DJ_Tokyo

最近，处理一个孪晶晶体数据的时候，在CheckCIF/PLATON[1]网站（https://checkcif.iucr.org/）上传CIF[2]后，点击“Send CIF for checking”后，页面跳转后一直停留在图1所示界面。

▲图1 CheckCIF时停留页面

然而上述界面中没有提示问题原因所在，只是让人“pleasewait …”，因为数据是孪晶数据，所以处理完的最后，有些信息需要手动填入CIF中，于是着重检查手动填写的不分，最终发现是“_diffrn_reflns_limit_l_max”和“_diffrn_reflns_limit_l_min”（参阅推文“CIF核磁词典-diffrn_reflns”）两个项目值填成了相同值，如图2所示。

▲图2 误填的参数

将其更正后，如图3所示，可以正常进行checkcif。

▲图3 更正后的参数

结语

晶体结构解析和精修的最后一步往往需要手动编辑CIF文件，这时一定要仔细检查自己编辑的内容。

视频操作演示请参阅：

CheckCIF-无法到达checkcif结果：https://www.bilibili.com/video/BV1tH4y1N726

参考文献

[1](a) Spek, A. L. Single-crystal structure validation with the program PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

[2](a) Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic InformationFile (CIF): a New Standard Archive File for Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. (b)Hall, S. R. The STAR File: A New Format for Electronic Data Transfer andArchiving. J. Chem. Inf. Comput. Sci.1991, 31, 326–333. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508.

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