无序示例-穿过对称元素的特殊无序(薁)

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); SHELXL[2] (Version: SHELXL-2019/3); Mercury[3] (Version: Mercury 2023.2.0 (build 382240))

最近处理一个取代薁化合物，不对称单元中初始模型如图1所示，已经没有大的残余峰了（Max Peak = 0.5）。

▲图1 不对称单元中的初始模型

该模型生长后如图2所示，可以很明显看出倒反重叠的薁基。

▲图2 完整模型结构

用Mercury查看对称元素（参阅视频“Mercury基操-查看对称元素：https://www.bilibili.com/video/BV1U44y1U7ZF”），可以看出该薁基处于反演中心，如图3所示。

▲图3 对称元素

很显然，这是一个穿过对称元素（反演中心）的特殊无序，在grow状态下，在Olex2中，选中整个薁基的所有原子，并在左下角命令行输入指令“part -c”，如图4所示。

▲图4 选择原子并输入part -c

输入“part -c”，回车后，结构模型将自动回到不对称单元（如果没有，则输入“fuse”并回车即可回到不对称单元），如图5所示。

▲图5 等效原子固定到不对称单元后的模型

此时将图5中“1”标记的四个原子删除，或者将“2”标记的四个原子删除，留下一个完整的薁基，如图6所示。

▲图6 完整的薁基模型

然后选中整个薁基，并输入“part -110.5”，如图7所示。

▲图7 执行特殊无序处理

输入“part -110.5”回车后，精修数轮，发现薁基碳原子椭球有轻微形变，其中的键长也不太合理，如图8所示。

▲图8 变形的椭球以及不合理的键长

此时可添加SIMU指令对其原子各向异性位移参数进行限制，并添加SADI指令对其所有碳碳键做等长限制，如图9所示。

▲图9 添加限制指令

精修数轮，收敛后，删去SADI指令，仅保留SIMU，再将数据精修至收敛，其椭球和键长均较为合理，如图10所示。

▲图10 精修收敛的结果

加氢后，精修的最终结果如图11所示。

▲图11 最终结果

对称操作（grow）后可以看到两个组分，如图12所示。

▲图12 薁基的两个无序组分

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[3]Macrae, C. F., Edgington, P. R., McCabe, P., Pidcock, E., Shields, G. P.,Taylor, R., Towler, M. & van de Streek, J. (2006). J. Appl. Cryst. 39,453-457.

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