CheckCIF-不必做掩耳盗铃之事

DJ_Tokyo

CheckCIF-不必做掩耳盗铃之事

通常期刊要求CIF[1]中嵌入hkl文件，主要是防止数据造假，参阅推文“晶体数据期刊要求-CIF中应嵌入hkl或fcf文件”和“投稿的CIF文件要不要嵌入HKL文件”，嵌入了hkl文件的CIF文件在进行checkCIF验证时就可以验证结构因子（structure factors）（checkCIF系统会根据嵌入的hkl文件创建fcf文件用于验证结构因子）。

CheckCIF服务中验证类型（Validation type）提供了“Validation of CIF only (no structure factors)”（仅验证CIF（无结构因子）），如图1所示，即便CIF中嵌入了hkl文件，勾选该选项也可以不验证结构因子。

▲图1 验证类型

如果勾选了“Validationof CIF only (no structure factors)”选项，则chekcif报告开头会有如图2所示提示语“You have not supplied any structure factors. As a resultthe full set of tests cannot be run.”（您尚未提供任何结构因子。因此，无法运行全套测试。）。

▲图2 未提供结构因子的验证报告

而提供了结构因子的验证报告开头提示语如图3所示。

▲图3 提供结构因子的验证报告

PLATON[2]中的Validation是默认验证结构因子的，除非CIF中没有嵌入hkl文件，并且数据文件夹中也没有fcf文件，但这样就会触发A级警报PLAT010（参阅推文“CheckCIF-PLAT010”）和B级警报PLAT008（参阅推文“CheckCIF-PLAT008”）和PLAT995（参阅推文“CheckCIF-PLAT995”），如图5所示。

▲图4 PLATON中的Validation

▲图5 没有嵌入hkl文件也没有fcf文件的CIF文件PLATON验证结果

如果CIF中没有嵌入hkl文件，则在申请CCDC[3]号时，需要说明原因，如图6‒7所示。

▲图6 申请CCDC号时说明数据不含结构因子的原因

▲图7 申请CCDC号时说明数据不含结构因子的原因

即便一个数据，在投稿时上传了嵌入hkl文件的CIF文件和不验证结构因子的chekcif报告，审稿人也会自己重新进行验证以获得验证结构因子的checkcif报告，并据此给出审稿意见，例如论文“New J.Chem. 2024,48, 18695–18699. DOI[4]: 10.1039/d4nj03582h.”中的4个晶体数据，投稿上传的是不验证结构因子的chekcif报告，无AB级警报，但审稿人自己进行验证后给出如下审稿意见（此处仅列其中一个结构，其它三个结构具有同样的审稿意见）：

Structure 3 (CCDC 2057102): C78 H98 Cl Co2  K N3 O6 P3    These CheckCif A and B alerts are raised by  this structure:    910_ALERT_3_B Missing # of FCF  Reflection(s) Below Theta(Min). 21 Note

结构3（CCDC 2057102）：C78 H98 Cl Co2 K N3 O6 P3    该结构存在以下A和B级警报：       910_ALERT_3_B Missing # of FCF  Reflection(s) Below Theta(Min). 21 Note

类似B级警报PLAT910（参阅推文“CheckCIF-PLAT910”），以及金属附近残余峰触发的诸如PLAT971（参阅推文“CheckCIF-PLAT971”）、PLAT972（参阅推文“CheckCIF-PLAT972”）、PLAT973（参阅推文“CheckCIF-PLAT973”）和PLAT974（参阅推文“CheckCIF-PLAT974”）等AB级警报，如果不验证结构因子，那么验证报告看起来会是无AB警报或极少此类警报状态。

另外，如果投稿时上传的是没有嵌入hkl文件的CIF文件，则可能会遇到类似如下审稿意见（来自论文“New J.Chem. 2024,48, 18695–18699. DOI: 10.1039/d4nj03582h.”）要求添加hkl文件。

**added_by_encifer** (CCDC 2057104)    - I suspect the structure is alright, but  this file does not have the hkl embedded please update the submission with  the CCDC.

**added_by_encifer** (CCDC 2057104)    我怀疑结构正常，但此文件没有嵌入hkl，请向CCDC更新提交内容。

综上所示，不论是期刊、审稿人还是CCDC，均要求CIF中嵌入hkl文件，所以在进行chekcif验证时，没必要选择“Validation of CIF only (no structure factors)”选项，这其实属于掩耳盗铃、自欺欺人的掩盖问题行为，正确的做法是想办法解决问题，或者对其进行合理的解释说明，另外就是也不要断章取义，认为期刊、审稿人或者CCDC在故意刁难。

相关推文

晶体数据CIF有AB级警报不影响申请CCDC号

审稿意见-审稿人能接受AB级警报吗

晶体领域中的断章取义

视频讲解请参阅：

CheckCIF-不必做掩耳盗铃之事：https://www.bilibili.com/video/BV113KAe9EAC

参考文献

[1]    (a) Hall, S. R.;Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File (CIF): A NewStandard Archive File for Crystallography. ActaCryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

[2]    (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

[3]    (a) Allen, F. H.The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million Crystal Structuresand Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI:10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

[4]    (a) InternationalOrganization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – Digital Object Identifier System.http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System.https://www.iso.org/standard/81599.html

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