CheckCIF报告中数据完整度是一个比值怎么回事

DJ_Tokyo

CheckCIF报告中数据完整度是一个比值怎么回事

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1]    Crystallographic tool: PLATON[2]

前段时间，B站有友友提到如图1所示问题。

▲图1 问题描述

对于非中心对称空间群的数据来说，其checkCIF报告中数据完整度会报告为一个比值，例如Olex2内置数据Sucrose的checkCIF报告如图2所示，其数据完整度报告为“Data completeness=1.61/0.85”。

▲图2 Sucrose的checkCIF报告

其中0.85指的是CIF[3]文件中“_diffrn_reflns_point_group_measured_fraction_max”（参阅推文“CIF核磁词典-DIFFRN_REFLNS”）项目值，如图3所示。

▲图3 _diffrn_reflns_point_group_measured_fraction_max项目值

置于前面的1.61，首先查看验证条目REFLT03（参阅推文“CheckCIF-REFLT03”）内容，如图4所示，对称独立衍射点的总数Nref记录在CIF文件的“_reflns_number_total”项目（参阅推文“CIF核磁词典-DIFFRN_REFLNS”）。

▲图4 验证条目REFLT03内容

在checkCIF中Nref的报告值即为“_reflns_number_total”项目值3318，其计算值为3383[ 2063]，其中1.61 = 3318/2063 =1.608337372758119243819680077557，如图5所示。

▲图5 数据完整度中1.61的计算

视频讲解请参阅：

CheckCIF报告中数据完整度是一个比值是啥意思：https://www.bilibili.com/video/BV1sS42197hq

参考文献

[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.    [2] (a)  Spek, A. L. Single-Crystal Structure Validation with the Program PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112. (b) Spek, A. L. Structure Validation in  Chemical Crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. DOI: 10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure  Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:  10.1016/j.ica.2017.04.036. (d)  Spek, A. L. checkCIF Validation  ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.    [3] (a) Hall, S.  R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File (CIF): a  New Standard Archive File for Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. DOI: 10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New  Format for Electronic Data Transfer and Archiving. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1991,  31, 326–333. DOI: 10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:  Detailed Specifications. J. Chem. Inf.  Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:  10.1021/ci00019a005.

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