无序示例-穿过对称元素的二氯甲烷无序

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); SHELXL[2] (Version: SHELXL-2019/3); Mercury[3] (Version: Mercury 2023.2.0 (build 382240))

最近，同单位某课题组一位同学求助处理一个晶体数据，不对称单元中半个二氯甲烷分子及其周围电子云图如图1所示。

▲图1 不对称单元中的半个二氯甲烷及其周围电子云图

用Mercury查看发现该二氯甲烷处于对称元素反演中心，如图2所示。

▲图2 查看对称元素

对称操作后，片段如图3所示。

▲图3 对称操作后的片段

于是用part -c将等效氯原子固定到不对称单元中，并对整个二氯甲烷分子做特殊无序处理（part -110.5），用DFIX指令和DANG指令限制其键长键角，用SIMU指令限制其各向异性位移参数，但碳原子附近仍有残余电子密度，而氯原子附近则显示残余电子密度过多，如图4所示。

▲图4 特殊无序处理结果

完整的两个组分如图5所示。

▲图5 完整组分

于是对该特殊无序在进行二组分无序处理，两个占有率之和为0.5，使用负的PART序号（PART -1和PART -2），如图6所示。

▲图6 二组分无序处理

此时该二氯甲烷分子的无序组分原子椭球正常，各项指标参数也得到极大改善，如图7所示。

▲图7 二组分无序处理结果

因为该二氯甲烷处于反演中心，因此还有反演中心对称操作的组分，如图8所示，正因为如此，该处的电子云图才会显示一个四边形形状。

▲图8 反演中心二氯甲烷二组分无序完整组分

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[3]Macrae, C. F., Edgington, P. R., McCabe, P., Pidcock, E., Shields, G. P.,Taylor, R., Towler, M. & van de Streek, J. (2006). J. Appl. Cryst. 39,453-457.

如需PDF文档，请从以下链接下载：

通过网盘分享的文件：无序示例-穿过对称元素的二氯甲烷无序.pdf

链接: https://pan.baidu.com/s/1XiND_wJ9UtmeNJMDuj5gfQ 提取码: xe4t