晶体数据还原示例49(完整度-分组积分)

DJ_Tokyo

晶体数据还原示例49(完整度-分组积分)

案例来源：CCDC[1] 2428084. DOI[2]: 10.5517/ccdc.csd.cc2mhl4w.

案例结构如图1所示（由ChemBioDraw[3]绘制）。

▲图1 案例结构

首先是数据情况，该晶体在布鲁克D8Venture单晶X射线衍射上测试（常温），辐射光源为钼靶，曝光时间为1秒，总共6轮数据（2429帧，1.80 GB），如图2所示（由APEX4[4]呈现），其中前2轮为fastscan，第二轮fastscan添加了衰减（参阅推文“同样是fastscan为何衍射强度相差巨大”），前三轮数据第一帧衍射图如图3所示。

▲图2 数据轮数及每轮衍射图数量

▲图3 衍射图

前两轮fastscan衍射太弱，因此将其排除不做处理，仅处理后4轮数据，收集衍射点进行指标化，得到晶胞体积约为1530 Å3的晶胞参数，三个角度均接近90°，Bravais默认选择的是Orthorhombic P，如图4所示。

▲图4 晶胞参数和Bravais Lattice

正常还原发现第3轮数据积分情况非常古怪，其平均相关系数ACC（Average correlation coefficient）值如图5所示，很多衍射图直接跳过未作积分，而第4‒6轮数据虽然ACC值较低，但较为平稳正常，如图6所示。

▲图5 第3轮数据积分情况

▲图6 第4‒6轮数据积分情况

经XPREP[5]确定空间群为P212121，在Olex2[6]中调用SHELXT[7]进行结构解析，结果如图7所示，结构正确，只是数据完整度较低，从而触发了A级警报PLAT029（参阅推文“CheckCIF-PLAT029”）和B级警报PLAT340（参阅推文“CheckCIF-PLAT340”）和PLAT911（参阅推文“CheckCIF-PLAT911”）（由PLATON[8]）。

▲图7 正常还原结果

将第3轮数据进行分组如下：

组别	衍射图范围	数量
1	mo_20230923a_03_0001.sfrm‒mo_20230923a_03_0120.sfrm	120
2	mo_20230923a_03_0121.sfrm‒mo_20230923a_03_0270.sfrm	150
3	mo_20230923a_03_0271.sfrm‒mo_20230923a_03_0396.sfrm	126
4	mo_20230923a_03_0397.sfrm‒mo_20230923a_03_0537.sfrm	141
5	mo_20230923a_03_0538.sfrm‒mo_20230923a_03_0717.sfrm	180
6	mo_20230923a_03_0718.sfrm‒mo_20230923a_03_0858.sfrm	141
7	mo_20230923a_03_0859.sfrm‒mo_20230923a_03_1021.sfrm	163
8	mo_20230923a_03_1022.sfrm‒mo_20230923a_03_1200.sfrm	179

新建7个文件夹并按序号命名为2‒8，如图8所示，然后将分组的衍射图移到对应的文件夹中，方便分组处理。

▲图8 新建文件夹用于对衍射图进行分组

对每一组衍射图单独处理——HarvestSpots>>Index>>Bravais>>Refine>>Integrate Images，分组积分后，每组积分ACC值如图9‒11所示，基本上在0.4‒0.6范围。

▲图9 分组第1‒4组积分ACC值

▲图10 分组第5‒8组积分ACC值

▲图11 分组第9‒11组（原第4‒6轮数据）积分ACC值

此时空间群确定和统计信息情况如图12所示，数据完整度能达到98.7%。

▲图12 空间群确定和统计信息

用Olex2打开XPREP生成的ins文件，Olex2会读取同名hkl文件，结果出现如图13所示提示“4319 Lines of the HKL file have been ignored after line#22908”（HKL文件中第22908行之后的行已被忽略），因此完整度显示只有85.2%。

▲图13 HKL文件中衍射点被忽略的提示

这与之前推文“hkl文件问题1”中的情况类似，因此用记事本的方式打开hkl文件，并搜索关键字“*”，找到问题所在行，如图14所示，将hkl文件中所有带“*”的行删除，然后保存hkl文件。

▲图14 带“*”的问题行

然后再重新打开ins文件，则显示正常，完整度为99.4%，如图15所示。

▲图15 排除问题后数据完整度

随后正常解析，结果如图16所示，有一个B级警报PLAT340， Olex2中Info>>Reflections列表中没有|Error/esd|大于10的衍射点。

▲图16 解析结果

不过点击R1后面的百分号图标查看Fobs vs Fcalc图，发现有不少Fcalc远大于Fobs的衍射点，如图17所示。

▲图17 Fcalc远大于Fobs的衍射点

在Fobs vsFcalc图中用鼠标左键点击这些利群衍射点，将其从精修中删除，如图18所示。

▲图18 删除异常衍射点

重新精修后结果如图19所示，无AB级警报，R因子也降低了不少。

▲图19 最终结果

视频讲解请参阅：

单晶结构解析练习510(数据还原-完整度-分组积分)：https://www.bilibili.com/video/BV1Ed98YxEby

数据下载：

链接:https://pan.baidu.com/s/1KuNoWvfqzbq_mBywsIVJJA

提取码: 5qbf

参考文献

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