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相关软件或概念：APEX4[1] (Version 2021.4-1); Olex2[2] (Version: Olex2-1.5); PLATON[3] (Version: 241123); SHELXL[4] (Version: SHELXL-2019/3); SHELXT[5] 最近，某高校友友求助处理一个晶体数据，发现其他各项指标还算良好，但R1、wR2和GooF均居高不下，如图1所示。 ▲图1 数据情况 怀疑是孪晶，首先运行PLATON/TwinRotMat，结果是“No Twin Law Dected”，如图2所示。 ▲图2 PLATON/TwinRotMat运行结果 上述结果并不能排除孪晶的可能，点击R1右边的%按钮查看Fobs vs Fcalc图，如图3所示，发现Fobs >>Fcalc，这表明大概率是孪晶。 ▲图3 Fobs vs Fcalc图 遂让其把原始衍射文件发来，结果说没有，如图4所示，这里忍不住要吐槽一句测试机构，消费者花钱做测试，但测试机构仅把还原后的文件发给消费者，而原始衍射文件（数千个，总大小在几百MB到几个GB）则默认不给，除非消费者索要才给。 ▲图4 原始衍射文件询问情况 之前就有小伙伴遇到这种情况，如图5所示。 ▲图5 小伙伴遇到原始衍射文件被删除的情况 好在本案例中的小伙伴还拿到了原始衍射文件，布鲁克单晶仪的总共1542个sfrm衍射文件，总大小为1.14 GB，如图6所示。 ▲图6 原始衍射文件数量及大小 用APEX4进行数据处理，查看其倒易空间点阵点，很很明显是孪晶，如图7所示。 ▲图7 倒易空间点阵点 做孪晶拆分后，进行数据还原，发现第1轮数据还算正常，如图8所示。 ▲图8 第1轮数据积分情况 然而第2–7轮数据就很差，如图9–11所示。 ▲图9 第2轮数据积分情况 ▲图10 第3轮数据积分情况 ▲图11 第7轮数据积分情况 这样最后的数据很差，如图12所示。 ▲图12 第1次孪晶拆分结果 于是单独处理第1轮数据，第2–7轮数据一起处理，最终得到可用的数据，如图13所示。 ▲图13 第2次孪晶拆分结果 此时的Fovs vsFcalc图如图14所示，基本呈一条直线。 ▲图14 乱晶拆分后的Fovs vs Fcalc图 HKLF5格式文件结果和最初一样，R1、wR2和GooF均居高不下，如图15所示。 ▲图15 HKLF5格式文件结果 结语 不论是在自己单位还是送到第三方机构测试的晶体数据，在数据发表之前，一定要把原始衍射图样文件保存在自己身边，以便应对可能出现的问题或审稿意见。数据处理（数据还原）得到的衍射文件（hkl文件）只包含了原始衍射图样文件中的部分信息，而原始衍射图样文件包含了衍射实验的完整信息。 参考文献 [1]Bruker (2021). APEX4 (Version2021.4-1). Program for Data Collection onArea Detectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA. [2]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. [3] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. [4](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. [5]Sheldrick, G. M. SHELXT – Integratedspace-group and crystal structure determination. Acta Cryst. 2015, A71, 3–8.
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发表于 2025-5-15 07:50:38
