无序示例-穿过对称元素的二苯乙烯二重无序(B级警报PLAT230)

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); SHELXL[2] (Version: SHELXL-2019/3); Mercury[3](Version: Mercury 2023.2.0 (build 382240))

最近处理一个晶体数据，结构为二苯乙烯，其不对称单元中最小重复单元为半个二苯乙烯分子，最大残余峰在烯基碳附近，触发了B级警报PLAT230（参阅推文“CheckCIF-PLAT230”），对称操作得到完整分子片段，可以看出，残余与烯基形成交叉结构，如图1所示。

▲图1 残余峰和触发的B级警报

虽然碳原子椭球看起来十分正常，但该残余峰以及B级警报均提示需要对该片段做无序处理，无序方案设计如图2所示。

▲图2 无序方案（完整片段）

在不对称单元中，将C1、C3、C4、C5、C6、C7这六个原子绕C2旋转，使C2的第二无序组分与Q1重合，然后以SAME指令和SIMU指令分别限制两个组分的几何结构和各向异性位移参数，最终结果如图3所示。

▲图3 无序处理结果

对称操作后的完整组分片段如图4所示。

▲图4 完整无序片段

用Mercury查看可知该二苯乙烯分子处于对称元素反演中心，如图5所示。

▲图5 二苯乙烯所处对称元素

由此，也可以通过穿过对称元素的特殊无序处理来解决，即使用part -c把等效原子固定到不对称单元中后，再用PART -110.5做特殊无序处理，结果如图6所示。

▲图6 特殊无序处理结果

但两个无序组分中间烯基不是交叉构型从未未拟合Q1处残余峰，如图7所示，所以特殊无序结果的R因子不如前述普通二组分无序结果。

▲图7 特殊无序处理后的完整组分片段

从结果来看，普通二组分无序结果对电子云图的拟合更好，因此采用该结果，无序处理后不再有PLAT230警报，如图8所示。

▲图8 无序处理后验证报告

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[3]Macrae, C. F., Edgington, P. R., McCabe, P., Pidcock, E., Shields, G. P.,Taylor, R., Towler, M. & van de Streek, J. (2006). J. Appl. Cryst. 39,453-457.

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