无序示例-穿过对称元素的丙基三甲基铵阳离子无序

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); SHELXL[2] (Version: SHELXL-2019/3); Mercury[3] (Version: Mercury 2023.2.0 (build 382240))

最近处理一个晶体数据，结构中的丙基三甲基铵阳离子中丙基椭球形变严重，如图1所示。

▲图1 椭球形变严重的丙基

很明显，该丙基三甲基铵阳离子处于镜面，用Mercury查看如图2所示。

▲图2 查看对称元素

对整个丙基做特殊无序处理，用Fit将丙基的末端甲基和与N直接相连的亚甲基碳拉离特殊位置后，对整个丙基用part -110.5做特殊无序处理，结果如图3所示。

▲图3 无序处理结果

无序处理完后，丙基的椭球还有点形变，因此用SIMU指令进行限制，随后加氢，结果如图4所示。

▲图4 无序处理最终结果

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[3]Macrae, C. F., Edgington, P. R., McCabe, P., Pidcock, E., Shields, G. P.,Taylor, R., Towler, M. & van de Streek, J. (2006). J. Appl. Cryst. 39,453-457.

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