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[单晶结构] 晶体测试案例49(挥发法培养晶体)

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发表于 2025-5-13 07:32:10 | 查看全部 |阅读模式

晶体测试案例49(挥发法培养晶体)
案例来源:CCDC[1] 2448147. DOI[2]:10.5517/ccdc.csd.cc2n5hhv.
案例结构为二(4-联苯基)胺(CAS: 102113-98-4),如1所示(由ChemBioDraw[3]绘制)。
1 案例结构
晶体培养方法为单一溶剂挥发法,溶剂为甲苯(CAS: 108-88-3),容器为试管,敞口挥发(参阅视频“培养单晶之过滤-挥发法:https://www.bilibili.com/video/BV1mkdWYZEYJ”)。
取样品约50毫克,加入2毫升甲苯,超声溶解,未溶解完全,用注射器+过滤头过滤至试管中,敞口挥发,在有溶剂的情况下未观察到结晶,溶剂挥发干后,发现有片状晶体,如2所示。
2 试管底部的片状晶体
用刮勺将其捞出,至于载玻片上用二甲基硅油(CAS: 9006-65-9)覆盖,在显微镜下观察,如3–4所示。
3 载玻片上的晶体
4 显微镜下观察的晶体
用粉刺针对其进行切割,结果如5所示。
5 显微镜下观察切碎的晶体
将图5中红色将头所指的两颗晶体扒拉出来,如6所示。
6 挑出来的候选晶体
考虑到厚度问题,选择了长条的那颗晶体,用真空硅脂(7501高真空硅脂)将其粘在粗细适当的玻璃丝顶端,如7所示。
7 安装好的晶体
其晶体尺寸经测量(参阅推文“布鲁克D8 VENTURE测量晶体尺寸操作步骤”或视频“APEX3 D8 Venture对心时晶体尺寸的测量:https://www.bilibili.com/video/BV1Cq4y1d7S5”“晶体尺寸的测量:https://www.bilibili.com/video/BV1hM4y1J71o”)为0.1370 × 0.1457 × 0.4349mm3,如8‒10所示(由APEX3[4]呈现),两个较小的尺寸相当,而长的尺寸则是其余两个尺寸的2倍以上,是电信个针状(needle)晶体,参阅视频“晶体尺寸和晶癖描述需保持一致:https://www.bilibili.com/video/BV1yb421B72r”。
8 晶体尺寸测量
9 晶体尺寸测量
10 晶体尺寸测量
在晶体对心时,可顺便拍摄晶体照片(参阅推文“D8 Venture衍射仪拍摄晶体照片”)保存,可作为论文插图,如11所示。
11 仪器拍摄的晶体照片
测定晶胞可知,其最大晶轴约为37Å,程序给出的探测器与晶体之间的距离建议值为56.0 mm,如12所示。
12 程序给出的探测器与晶体之间的距离建议值
为规避警报PLAT910(参阅推文“CheckCIF-PLAT910”“CheckCIF-B级警报PLAT910解决示例”和“晶体测试案例20(B级警报PLAT910)”),将该距离增大为80.0 mm,计算得到的数据收集策略共有7轮数据,其中前2轮为fastscan(第2fastscan有衰减),步长为0.90°,曝光时间为10.0秒,预计总时长为2小时31分钟,如13所示。
13 初始数据收集策略
为节省时间,对数据收集策略做如下调整:删去2fastscan,将步长改为2.00°,曝光时间改为5.0秒,预计时长缩短为33分钟,如14所示。
14 调整后的数据收集策略
实际测试耗费约35分钟,共收集到390帧衍射照片(295 MB),如15所示。
15 实际测试情况
其衍射图如16所示(由APEX4[5]呈现)。
16 衍射图
最终处理结果如17所示(由Olex2[6]呈现),无AB级警报。
17 最终结果
视频操作:
单晶结构解析练习578(数据还原)https://www.bilibili.com/video/BV1BoVrzaEPL
数据下载:
提取码: gsar
参考文献
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[4]    Bruker (2018). APEX3 (Version 2018.7-2). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.
[5]    Bruker (2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.
[6]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.
声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中可能存在疏漏错误,请不吝指正。
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