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[单晶结构] 无序示例-苯环三组分无序

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发表于 2025-5-10 07:30:37 | 查看全部 |阅读模式
相关软件或概念:Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); SHELXL[2] (Version: SHELXL-2019/3); PLATON[3] (Version: 60124)
案例来源:Chem. Commun. 2023, 59, 12330–12333.
DOI10.1039/d3cc04460b
CCDC2236281
去年九月份帮同单位某课题组处理了晶体数据的审稿意见,参阅推文“晶体数据审稿意见-保留原始衍射照片的重要性1”,其中CCDC: 2236281结构中的苯环做了二重无序处理,如1所示。
1 苯环二重无序处理
当时可能觉得R因子,残余峰什么的都已经很不错了,而且也没有AB级警报,就没有进一步处理了,然后在最近录制视频对其进行讲解的时候,发现其实还可以进一步对其做三组分无序,因为其附近电子云图清晰地显示了第三个无序组分的位置,如2所示。
2 二重无序苯环附近电子云图
于是对其做了三组分无序处理,结果如3所示。
3 苯环三组分无序处理结果
发现R因子还是降了不少,对比如下
  
  
R1
wR2
Max  Peak
Min  Peak
二组分无序
6.26%
17.86%
0.4
-0.4
三组分无序
5.49%
15.29%
0.2
-0.3
处理过程请参阅视频:
审稿意见-保留原始衍射照片文件的重要性2https://www.bilibili.com/video/BV1XC411B7Gp
参考文献
[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.
[2](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.
[3] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.
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