晶体数据还原示例43(空间群-残余峰)

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晶体数据还原示例43(空间群-残余峰)

案例来源：CCDC[1] 2335803. J. Am. Chem. Soc. 2024, 146, 12790‒12798. DOI[2]:10.1021/jacs.4c03058.

案例结构如图1所示（由ChemBioDraw[3]绘制）。

▲图1 案例结构

原始衍射图文件为3轮数据，共计759个sfrm文件，总大小为575 MB。其衍射图如图2所示（由APEX4[4]呈现），钼靶测试，曝光时间为1秒。

▲图2 衍射图样

按照默认设置（10.00信噪比阈值，3轮数据，每轮20帧sfrm）共收集到1856个衍射点，施加限制条件后剩下716个衍射点用于中指标化，得到的晶胞参数和Bravais Lattice结果如图3所示。

▲图3 默认设置收集衍射点结果

在XPREP[5]中给出唯一空间群第14号空间群P21/c，如图4所示。

▲图4 第14号空间群P21/c

解析精修结果如图5所示（由Olex2[6]呈现），所有原子的原子椭球均正常，但残余峰较大（Max Peak = 3.1，MinPeak = -2.4）。

▲图5 空间群P21/c下解析精修结果

使用PLATON[7]进行结构验证，结果如图6所示，前三个B级警报PLAT110（参阅推文“CheckCIF-PLAT110”）、PLAT112（参阅推文“CheckCIF-PLAT112”）和PLAT113（参阅推文“CheckCIF-PLAT113”）表明存在更高对称性，并提示可能空间群为第14号空间群P21/n，后两个B级警报PLAT971（参阅推文“CheckCIF-PLAT971”）和PLAT973（参阅推文“CheckCIF-PLAT973”）则是较大的残余峰引发。

▲图6 验证报告

用PLATON中SYMMETRY下的Addsym-SHX功能升空间群，结果如图7所示，空间群变换为P21/n，不对称单元变为0.5个分子，但HKLF指令后非整数变换矩阵导致非整数/无效密勒指数，致使53582个无效衍射点被移除，显然，这个需要重新还原（参阅视频“Olex2晶体解析与精修实例126(审稿意见)：https://www.bilibili.com/video/BV1ee411M7DZ”），虽然处理后残余峰降下来并且无AB级警报，如图8所示。

▲图7 升空间群后出现的提示

▲图8 升空间群后精修结果

空间群变换后，晶胞参数由

“a = 20.1220(7) Å, b= 25.4598(9) Å, c = 13.1417(5) Å, α = 90°, β = 96.277(1)°, γ = 90°, V = 6692.2(4) Å3”

变更为

“a = 11.3993(3) Å, b= 25.4598(9) Å, c = 12.6038(3) Å, α = 90°, β = 113.830(3)°, γ = 90°,V = 3346.08(18) Å3”。

返回APEX4，收集少一些衍射点，如468个衍射点，限制后剩下180个衍射用于指标化，得到上述空间群变换后相同的晶胞参数，如图9所示。

▲图9 数量较少的衍射点指标化结果

按此晶胞参数还原数据，最终在XPREP中给出唯一空间群第14号空间群P21/n，如图10所示。

▲图10 第14号空间群P21/n

解析精修结果如图11所示，也没有AB级警报，并且没有非整数/无效密勒指数问题。

▲图11 按正确晶胞参数还原结果

视频讲解请参阅：

晶体数据还原示例43(空间群-残余峰)：https://www.bilibili.com/video/BV1pmiCY4EDn

相关视频：

单晶结构解析练习326(数据还原-文献案例)：https://www.bilibili.com/video/BV1pUiCYdE89

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CCDC2335803：

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提取码: 5kfw

参考文献

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