无序示例-苯环二重无序

DJ_Tokyo

近日，笔者测试了一个晶体，利用集成于Olex2[1]中的ShelXT[2]以Intrinsic Phasing方法求解结构，并用SHELXL[3]以最小二乘法精修至收敛，最终结果如图1所示，R1 = 5.12%，wR2 = 12.07%，指标非常不错。

▲图1 结构数据指标

并且PLATON[4]结构验证也显示没有AB级警报，如图2所示。

▲图2 PLATON结构验证结果

不过从图1可以看出，距离取代基越远的苯环碳原子，其椭球形变越严重，并且有大量Q峰在苯环附近，而结构中其他原子的椭球均无明显拉长的形变，而是比较接近球形，这些迹象表明该苯环可能存在无序。于是对该苯环进行绕环外原子的位置无序处理，并以SIMU指令对所有无序原子的各向异性位移参数（温度因子）进行限制，以SAME指令将两个组分的1,2-和1,3-距离限制为相似，最终结果如图3所示，R1从处理前的5.12%降为处理后的4.75%，而wR2从处理前的12.07%降为处理后的10.48%，并且该苯环的所有碳原子椭球均较为正常，不再有异常形变拉长，苯环周围也没有什么Q峰了。

▲图3 无序处理后结构数据指标

结语

本案例中的苯环虽说不按无序处理，R因子也已经非常漂亮，且已达到一般都能够接受的无AB级警报，不过进行进行简单的二重无序处理，不仅可以进一步降低其R因子，而且也使得相关原子的椭球变得更合理漂亮。总的来说，嫌麻烦的话，也可以不处理，这是一个偷懒与否的问题。

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2]Sheldrick, G. M. SHELXT – Integratedspace-group and crystal structure determination. Acta Cryst. 2015, A71, 3–8.

[3](a) Sheldrick, G. M. SHEELXL-2019/2, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[4](a) Spek, A. L. Single-crystal structure validation with the program PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

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